或是把它放到那些gjf 里面,输入./all_g03.sh,这时那个脚本会依次计算这个目录下的所有gjf 文件。后面加& 实在后台执行,这时
可以输入exit,关闭终端,回去睡觉好了
。
这些脚本都很简单,可以根据自己的实际情况修改或扩展。比如输入文件后缀为com,程序为g98 等,都可以修改。还可以加一句,在计算结束之后关机。
**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is 0.11062683D+02 分子轨道的系数超过了100
Gradient too large for Newton-Raphson use scaled descent instead 是用了最速下降法取代了牛顿法进行局部优化 沙漠之鹰
局部优化的方法通常有爬坡法、最速下降法和牛顿法,其中爬坡法适用于任何情况,最速下降法要求势能面的一阶导数不变号,牛顿法则要求二阶导数也不变号,在后面的帖子中会陆续介绍。收敛速度最快的算法适应的条件最苛刻。在guassian中采用一种称为Berny搜索的算法,实际上是对这三种算法的综合运用
NBO
1.NBO(Natural Bond Orbital),自然键轨道分析程序,在量化软件Jaguar,Q-Chem,PQS,NWChem,GAMESS-US(含PC GAMESS)和Gaussian中都包含了此程序或接口。目前是5.0版。
2.Gaussian-03 users should therefore include IOp(5/48=10000)
3.#p B3LYP/Gen pseudo=read Pop=NBORead pop=reg ......... ......... C O H 0 6-31G(d) **** Zn 0 LANL2DZ **** Zn 0 LANL2DZ
$nbo bndidx $end
4. NPA相对于传统的Mulliken集居数分析,具有更高的数值稳定性,能更好地描述有较高离子特征化合物的电子分布,克服了Mulliken集居数分析方法的弱点:会产生没有物理意义的负集居数值;Mulliken 集居数随所选基组不同差异很大,尤其是当基组扩大到更高精度时会失去意义;对于具有明显离子特征的化合物而言,Mulliken集居往往给出不合理的电荷分布图。而且自然集居数分析基于正交归一化基组横跨整个轨道空间,本质上是波函数,而不是筛选的特殊轨道基,因而不论基组怎
样扩大,其占据数都能收敛于一较稳定值。
5. PBC:周期性边界条件,算高分子,晶体等的,但在用NBO的时候可能不好用。 6.NBO输出文件:
Bond types; Hybrid descriptors
BD for 2-center bond,(二中心键) BD是成键轨道,包括sigma和pi键 CR for 1-center core pair,
LP for 1-center valence lone pair, (孤对电子)
RY* for 1-center Rydberg(里德堡), 我们一般计算的激发态称为Low-lying Excited States,也就是由
原子价电子构成的分子电子激发态。更高的电子态是Rydberg态。从头算法和其他半经验方法对空轨道,特别是较高空轨道的计算结果不好,因而得到的Rydberg态的结果缺乏明确的物理意义。
BD* for 2-center antibond,
Bond orders
T:total c:covalent i:ionic(这是讨论键的极性,是共价键为主还是离子键为主)
Charge transfer
Resonance weights
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