高斯常见问题(3)

在一个机器上加几组计算任务

windows下高斯多步计算,不知道该怎么弄? 就是先优化完一个结构之后,自动开始下一个优化(和第一个不是同一个文件),谢谢 有没有输入文件的例子啊? %chk=a.chk %mem=800mb # hf/3-21g opt optA 0 1

A结构坐标 （空格） --link--

%chk=b.chk %mem=800mb # hf/3-21g opt optB 0 1

B结构坐标

用bcf文件就可以啊 如

! !user created batch file list !start=1 !

e:\\cal\\CH4-td-opt.gjf , e:\\cal\\CH4-td-opt.out e:\\cal\\C2H6-631g-opt.gjf , e:\\cal\\C2H6-631g-opt.out

【原创】几个处理输入输出文件的shell 脚本。

Linux 下的shell 脚本是一种批处理语言，可以把单个的命令组合起来，又能够进行判断循环等流程控制。

当面对成百上千个的输入输出文件需要操作时候，除了shell，你还能选择什么呢？这里列出几个常用的操作，并给出相应的解析，希望能对大家有所帮助。 2-5楼

1 把当前目录下所有的

gjf 文件用g03 计算

2 修改gjf 的开头

3 把out文件的能量提取出来,存储到get_energy.log 中，同时生成以能量值为文件名的

out文件，便于排序筛选

4 把out文件的最后一个坐标做成gjf 文件，并赋予新的关键词

10楼 使用方法

all_g03.sh #!/bin/bash for inf in *.gjf do

outf=`echo ${inf}|tr\ g03 < ${inf} >${outf} done

该文件可以把当前目录下所有的gjf文件用g03 计算，文件名后缀自动改为out。 解析 #!/bin/bash

在shell 脚本中，以#开头的行是注释，但在文件最开始的以#! 开头的行指定解析这个脚本所用的程序。此处是bash，还可以是csh,python, tcl等若干。 for inf in *.gjf do ? ? Done

循环，变量为inf，变量取值为当前目录下的所有*.gjf 文件。 outf=`echo ${inf}|tr\

${inf}: shell中变量取值时候需要在前面加$, 当变量名为多个字符时候最好用{} echo ${inf}: 显示inf 的值，此处在每次循环时候为某一个*.gjf 的文件名

echo ${inf}|tr \把inf 替换为out，为同windows 下的g03兼容，用out做后缀 outf=`echo ${inf}|tr \给outf 赋值 g03 < ${inf} >${outf}

用g03 计算，从inf 输入，outf 输出

change_keyword.sh #!/bin/bash dir=ckout mkdir ${dir}

for i in *.gjf do

echo \

echo \ echo \ echo \ echo \

sed '1,5d' ${i} >> ${dir}/${i} echo \ done

此脚本可以批量修改gjf 的开头，输出文件在一个新的文件夹中，文件名不变。 解析 dir=ckout mkdir ${dir}

创建一个叫ckout 的目录，用于存放新生成的文件。

echo \ echo \ echo \ echo \ echo \

新gjf 文件的开头部分，可以根据需要修改。 echo\：写入一个空行

sed '1,5d' ${i} >> ${dir}/${i} 把旧的gjf 文件的坐标部分写入新文件,

'1,5d' 删除(d) 文件的1-5行，5 可以根据需要修改。

echo \ 在文件末尾写入新的空行

get_energy.sh #!/bin/bash dir=get_energy

mkdir ${dir}

for i in *.out do

en=`more ${i} | grep 'Energy'| tail -n 1 | cut -c 13-20` cp -- ${i} ${dir}/${en}_${i} echo \ done

此脚本可以把out文件的能量提取出来,存储到get_energy.log 中，同时生成以能量值为文件名的out文件，便于排序筛选。 解析

en=`more ${i} | grep 'Energy'| tail -n 1 | cut -c 13-20` 获取能量值。

grep'Energy': 对不同的文件，能量的表达不同，am1用”Energy”,hf 用E(RHF),可以根据实际选择。 Tail –n 1: 对于opt 任务，此处可以选择最后一个能量值

cut -c 13-20:截取能量值，13-20个字符，未必就是这么多，可以通过试用得到。注意前面不要有空格和减号。

cp ${i} ${dir}/${en}_${i} 复制文件到新的目录，并命名为 能量_原文件名

echo \ 统计能量到新的文件。

out2gjf.sh

#!/bin/bash dir=out2gjf mkdir ${dir}

for i in *.out do

fil=`echo ${i}|tr \

n=`more ${i}|cat -n|grep Number|tail -n 1|cut -c 1-8` ((n=n+2))

echo \ echo \ echo ${i} >> ${dir}/${fil}

echo \ echo \ ido=0

while((${ido} < 30)) do

((m=n+ido))

more -- ${i} |head -n${m}|tail -n 1|cut -c 14-99 >> ${dir}/${fil}

((ido=ido+1)) done

echo \ done

此脚本可以把out文件的最后一个坐标做成gjf 文件，并赋予新的关键词。 解析

fil=`echo ${i}|tr \

给变量fil 赋值，输入文件的后缀名改变为gjf n=`more ${i}|cat -n|grep Number|tail -n 1|cut -c 1-8` 寻找最后一个坐标所在的位置，n为行号。 ido=0

while((${ido} < 30)) do

((m=n+ido))

more -- ${i} |head-n ${m}|tail -n 1|cut -c 14-99 >> ${dir}/${fil}

((ido=ido+1)) done

把分子坐标写入新的gjf 文件

这里30 为分子的原子数，使用时根据体系原子数修改

说一说这些脚本的使用方法。

以第一个为例

首先给那个all_g03 加上可执行权限 chmod u+x all_g03.sh

然后把它放到一个PATH 包含的路径下面，进入存放gjf 的目录，输入all_g03.sh &，

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