高斯常见问题

一、混合基组

#p b3lyp/GenECP opt Gen 自己在输入文件末尾定义基组，ECP 使用赝势 空行 g03 opt 空行 0 1 ... ... ... ... 空行

C H O 0 碳 氢 氧 数字0 GEN 6-31G** 基组名 **** 结束符号

Ru P Cl 0 Ru P Cl 数字0 GEN Lanl2dz 基组名 **** 结束符号 空行

Ru P Cl 0 Ru P Cl 数字0 ECP Lanl2dz 基组

=====================

建议你查看 GEN 关键字。上述，如不加ECP亦可。

二、出现错误提醒:

（一）出现名言提示，表明是正常结束的；l9999终止，是因为循环次数不够。建议用optcyc=100-999增加循环；或者把输出结果做为输入结构再次优化！

1、是我感觉你要是maxcycle=200还是999死的话，就减小一下步长试试，可能会有用的！maxstep=1

2、该先看下收敛指标是不是很接近了，如果很接近就继续做（读chk）或取出最后一个坐标继续算，如果相差很远，可以加非线形实验下，再一个就是加大循环，缩短步长。

（二）L202是重新定位坐标，计算对称性，检查变量的，它出错应该就是输入结构有问题。

三、过渡态

寻找过渡态的时候,可以用TS,QST2 和QST3 方法,那一种方法的效果更好一些?” 取决于计算前所拥有的信息量。当然，信息越多，结果越有把握。所以，QST3 最有把握。如果没有任何初始信息，那就没有什么选择了。“我想不同的输入方法肯定不会产生一样的结果，那输入过程中限制它们间相对位置的条件是什么呢？” 如果输入不同会导致结果不同，那么应当全面考虑。首先可以用化学知识筛选。如果此后仍有多种可能性，就应当通过计算比较。

我算过的用HF方法虚频超过1000，而用DFT只要100-300.所以说方法很重要。但是，只要你找到的TS虚频与反应的方向一致并且IRC已经验证，这个TS就是可信的。虚频也不能太小，比如小于100.

过渡态与你的产物相差甚远 说明在这条反应路径上还有过渡态你没有找到

在优化过渡态的时候圈数设为100，步长5，怎么输入 opt（TS，calcFC，maxcyc=100，maxstep=5）是这样

寻找过渡态不是一件容易的事（对于我和大多数刚涉及量化的人来说），因此我希望通过写这个经验小结能对大家有些帮助。

1.首先遇到的问题是，用哪种方法来寻找过渡态？

GAUSSIAN提供的方法是QSTN和TSN方法。两种方法各有优点和缺点。QSTN方法特别QST3方法要求输入反应物，过渡态的猜测结构，产物这三者的结构。特别麻烦。但很管用，一般不会出现不收敛的情况。对于TSN（对应关键词为OPT=TS）方法，只要求输入过渡态的初始结构，但这个初始结构非常的关键，如果结构不好，则很容易出现不收敛的情况。所以我建议，如果是刚开始做过度态的话，用QSTN方法是好的选择，等有了“感觉”之后，再用TSN方法。

2. 怎么解决经常出现的错误？

在找过度态的时候，经常碰到的一些问题就是（1）不收敛，（2）有一个错误的本征值（错误信息为：there is a wrong sign eigenvalue in hessian matrix.....)，（3）和LINK9999错误导致退出。对于不收敛的情况，可以分为两类，比如提示信息里的CONVERGENCE FAILER 提醒收敛到了10（-5），而此时你设定的SCF循环次数也仅仅是64步，那么完全有希望通过加大SCF循环次数来达到收敛的目的。倘若只收敛到10（-3）或10（-2），此时加大循环次数可能就没用了。结果还是CONVERGE FAILER。此时可采用SCF=QC，来达到强制收敛的目的 。因为SCF=QC（LINK508）的计算量比默认的L502要大，所以不到万不得以就不用它了。出现第二个错误可以直接用关键词OPT=NOEIGEN 来实现。LINK9999出错是因为已经走完了默认的步数，但还未完成。系统会自动跳出。出现这种情况大多数就是因为优化步数和SCF步数超过了默认值。可用OPT（MAXCYCLE=100）和SCF（MAXCYCLE=300）来改错。

3.怎么样控制过渡态的优化，使得过渡态不至于收敛到其他的分子结构中去？

我用GAUSS VIEW 可以解决这个问题 ，当刚开始运行GAUSSIAN时，你用GVIEW去打开输出文件时，你可以看到你的过渡态的初始输入结构，当一个循环过后（从上一个LINK502到下一个LINK502），你再打开输出文件，你就可以清晰地看到优化一步后分子的构型，这样就可以随时监控过度态分子的结构，倘若已经有收敛到其他分子构型的趋势时，你就可以把它给KILL了，而不至于需要等全部工作结束后，打开输出文件才知道已经不是想要的过渡态了。 如果收敛到其它的构型上去，可以考虑缩小OPT的步长.iop(1/8=2或3）即可。 4. 还需要加其它的关键词吗？

建议在OPT中加入CALCFC。这样可以加大找到过渡态的几率。本人深有体会！ 5. 如何控制寻找过渡态的步长？ 这个可以用IOP来实现。具体相应的IOP是iop(1/8)=2，此语句说明在找过度态的时候，以2A（A为基本单位长度）为单位来寻找过渡态。 6.我用高斯03做了两个稳定点A和B的过渡态TS，发现频率文件的振动方向还不足以证明TS就是A和B的过渡态，所以，我又接着做了IRC，结果发现IRC正方向走出的结构与A结构差别很小，而反方向走出的结构与B相差太大，是不是说明这个求出的TS不是AB的过渡态？

那就应该不是,可是你的这个ts也是反映路径当中的一个ts,他前后走出的东西也是im,你如果想要得出AB之间的过渡态的话,最好就用qst2和qst3方法找.

四、奥奥的输入文件

%mem=8mw

%rwf=1,2000mb,2,2000mb,3,2000mb %chk=ts-1+

#P B3LYP/6-311G(d) fopt=(ts,Z-matrix,calcfc) optcyc=90 iop(5/13=1) iop(9/6=150) iop(1/11=1) freq

********** 1 2 C

S,1,r1

X,1,1.,2,a1

Si,1,r2,3,a1,2,180.,0 Variables: r1=2.85080391 r2=1.88789137 a1=21.74742362

iop(5/13=1) iop(9/6=150) iop(1/11=1) 吉大ADF 20:54:02

第一个是优化用的 第三个是找过渡态用的 吉大ADF 20:54:15 第二也可以不加 吉大ADF 20:54:44

比较没有第一个 你就是基本的优化都会出问题 ComputerGirl 20:54:55

这几个字段是连在一起用的吗？还是做优化用一个，做过渡态用另一个。 吉大ADF 20:55:18

优化稳定体时 第一个就行 吉大ADF 20:55:29

过渡态时 第一个和第三个 吉大ADF 20:55:33

第二个 不用加 第二个 算能量时会用到

Image point= NEB

五、IRC计算

程老师：

IRC=(forward 或backward stepsize=n) n是个自然数，一般可以为6.

一定要有你算过渡态的CHK文件啊！是从CHK文件读数据的。不是有混合基组的话，如果有多个虚频，说明未找到能力最高点。有机金属配合物很复杂，又使用混合基组，所以情

况很复杂，要靠IRC内禀反应坐标扫描了。在我看来，这样的计算就未必准。结果非常依赖基组的大小。DFT那是半经验方法哦～～ 在断裂键和生成键上家极化函数好一些，也好不到哪去。不必了。这种方法用频率验证意义不大 程老师：

可以进行频率验证的，过渡态一般有且只有一个虚频（负频），大小不一定，与要断裂键或新生成键的键长有关系。 程老师 14:14:01

一般要IRC扫描确定过渡态。如果熟练的话，可以不用IRC扫描即可确定过渡态\\ 宏师姐 20:27:35

算完后要导出坐标，在过渡态的基础上算频率的 宏师姐 20:28:36

过渡态直接ts就可以了，可以和频率同时算。不需要再优化 宏师姐 20:29:13

出现虚频是很正常的，要把他们消去。只有一个的虚频才算是过渡态 宏师姐 20:31:26 不用，可以再优化，有时候如果结构有对称性可能会出现虚频。或者你上网上查怎么消虚频，然后把它消去，消去以后在优化。过渡态比较难找的 宏师姐 20:32:25

我消虚频的办法是找到虚频对应的坐标把它加在新的优化好的坐标上，然后重新优化。 宏师姐 20:33:31

只要有一个虚频都可以做irc，也就是你只要找到过渡态就可以做irc 宏师姐 20:43:44

很小的虚频也不行的，过渡态只能有一个虚频。过多的虚频是要消去的，那就表明你现在的结构不是过渡态，那么你在做IRC是没有意义的 小木虫上说

对于irc不收敛你可以加iop（1/13=5）试试

关于过渡态与反应物接近，还与是与产物接近，有一个它Hammond's Postulate,大意是：

如果在反应过程中有两个状态（比如说一个过渡态和一个反应中间体）相继出现，并且这两个状态的能量相差不大，那么这两个状态相互转变时的分子构型也不会有太大变化。

这个假定的一个有用推论就是，过渡态的分子结构会与在能量上和它相近的组分相似。如果一个反应是放热反应，那么反应物的能量高于产物的能量，但过渡态能量最高，在能量上过渡态就与反应物相近，根据Hammond's Postulate，它的分子结构也与反应物相近。这个过渡态就是前过渡态。 要是走构型就直接

# b3lyp/6-311g** IRC(MAXPOINT=400,CALCFC,stepsize=5,MAXCYCLE=600,forward) SCF(MAXCYCLE=400)

1.请问，在ＩＲＣ计算中出现Ｌ５０８错误应该怎么办啊？ 谢谢 scf cannot converge even using scf=qc,

there is no good enough solution for this error but to use better initial guess for calculation.

e.g. use guess=read to read scf from similar molecule ( cation, anion, different spin states, neibor in perodic table, etc.); or change starting geometry

link下面加上这个geom=check guess=check

频率

在进行Gaussian计算时，经常会出现多个虚频个，每个都只有－30~－20左右，但是如果结构改动过大，则一不小心，虚频就会更大。消除虚频的主要方法是改变构型。其次在计算上还可以尝试：nosymm；加大循环次数；提高收敛度；iop(1/8=1)等。通常对于势能面很平，较小的虚频很难消除。

为了解决以上的这种现象,按如下的步骤一步步调整：

1）. 在优化时采用Scf(tight)的选项，增加收敛的标准。再去计算频率。如果还有虚频，参见下一步。

2）. 对称性的影响，很多情况下的虚频是由于分子本身的对称性造成的。这样，在优化时，如果必要，要将对称性降低，还有，输入文件有时是用内坐标。建议如果有虚频的话，将内坐标改成直角坐标优化。但是有时这一方法也并没有多大作用。

3）. 如果上述方法还有虚频，看一下虚频，找到强度较大的，将在频率中产生的原子的振动坐标加到相应的输入文件中。这样，重新计算。直到虚频没有。比较好的做法是分子结构输入用直角坐标，将这些产生虚频的振动坐标直接与原始坐标相加。加的时候不一定要将坐标直接相加，可以选择权重如1/3相加等。

4）. 实际上，如果分子柔性较大，很难找到最低点，这是电子结构计算的问题，这种情况下，需要动力学的 东西，用构象搜寻的办法解决。如：模拟退火，最陡下降法，淬火法等。将得到的能量最低的构象做一般的电子结构计算，这样，应当没有问题。

当出现两个以上虚频时，可以先看一下振动模式。如果多余的虚频，和想要的振动模式发生在不同原子上，可以先固定过渡态模式所对应的原子，然后做opt到minimal,一般可以把多余的虚频去掉，再放开做全优化。

opt(maxcyc=500)这么的 Opt=（QST2，maxcyc=500)

错误提醒:CConnectionGLOG::Parse_GLOG()

Gaussian error detected

Last line read = 218856

这个错误是你把东西考到你的D盘或者别的盘里就能打开了 gv有时吧U盘当作中文目录 you see??

如果不收敛时强制收敛,QC表强制的意思,CONVER=6表示收敛到小数点后六位,原来是八位

scf=(qc,conver=6)

用Gaussian进行溶剂计算

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