material - studio个人经验

Materials Studio是Accelrys专为材料科学领域开发的可运行于PC机上的新一代材料计算软件，可帮助研究人员解决当今化学及材料工业中的许多重要问题。 Materials Studio软件采用Client/Server结构，客户端可以是Windows 98、2000或NT系统，计算服务器可以是本机的Windows 2000或NT，也可以是网络上的Windows 2000、Windows NT、Linux或UNIX系统。使得任何的材料研究人员可以轻易获得与世界一流研究机构相一致的材料模拟能力。 Materials Studio是ACCELRYS 公司专门为材料科学领域研究者所涉及的一款可运行在PC上的模拟软件。他可以帮助你解决当今化学、材料工业中的一系列重要问题。支持Windows98、 NT、Unix以及Linux等多种操作平台的Materials Studio使化学及材料科学的研究者们能更方便的建立三维分子模型，深入的分析有机、无机晶体、无定形材料以及聚合物。

任何一个研究者，无论他是否是计算机方面的专家，都能充分享用该软件所使用的高新技术，他所生成的高质量的图片能使你的讲演和报告更引人入胜。同时他还能处理各种不同来源的图形、文本以及数据表格。

多种先进算法的综合运用使Material Studio成为一个强有力的模拟工具。无论是性质预测、聚合物建模还是X射线衍射模拟，我们都可以通过一些简单易学的操作来得到切实可靠的数据。灵活方便的Client-Server结构还是的计算机可以在网络中任何一台装有NT、Linux或Unix操作系统的计算机上进行，从而最大限度的运用了网络资源。

ACCELRYS的软件使任何的研究者都能达到和世界一流工业研究部门相一致的材料模拟的能力。模拟的内容囊括了催化剂、聚合物、固体化学、结晶学、晶粉衍射以及材料特性等材料科学研究领域的主要课题。

Materials Studio采用了大家非常熟悉Microsoft标准用户界面，它允许你通过各种控制面板直接对计算参数和计算结构进行设置和分析。模块简介：基本环境 MS.Materials Visualizer 分子力学与分子动力学 MS.DISCOVER MS.COMPASS

MS.Amorphous Cell MS.Forcite

MS.Forcite Plus MS.GULP MS.Equilibria

MS.Sorption晶体、结晶与X射线衍射 MS.Polymorph Predictor MS.Morphology MS.X-Cell MS.Reflex

MS.Reflex Plus

MS.Reflex QPA量子力学 MS.Dmol3 MS.CASTEP

MS.NMR CASTEP

MS.VAMP高分子与介观模拟 MS.Synthia

MS.Blends MS.DPD

MS.MesoDyn

MS.MesoPro定量结构-性质关系 MS.QSAR

MS.QSAR Plus   MS.Dmol3 Descriptor基本环境 ·MS Visualizer PDF文件下载

提供了搭建分子、晶体、界面、表面及高分子材料结构模型所需的所有工具，可以操作、观察及分析计算前后的结构模型，处理图型、表格或文本等形式的数据，并提供软件的基本环境和分析工具以支持Materials Studio的其它产品。是Materials Studio产品系列的核心模块。同时Materials Visualizer还支持多种输入、输出格式，并可将动态的轨迹文件输出成avi文件加入到Office系列产品中。MS4.0版本增加了纳米结构模建、分子叠合以及分子库枚举等功能。分子力学与分子动力学 ·MS.DISCOVER PDF文件下载

Discover 是Materials Studio的分子力学计算引擎。它使用了多种成熟的分子力学和分子动力学方法，这些方法被证明完全适应分子设计的需要。以多个经过仔细推导的力场为基础，Discover可以准确地计算出最低能量构象，并可给出不同系综下体系结构的动力学轨迹。Discover还为Amorphous Cell等产品提供了基础计算方法。周期性边界条件的引入使得它可以对固态体系进行研究，如晶体、非晶和溶剂化体系。另外，Discover还提供强大的分析工具，可以对模拟结果进行分析，从而得到各类结构参数、热力学性质、力学性质、动力学量以及振动强度。 ·MS.COMPASS PDF文件下载

COMPASS 是“Condensed-phase Optimized Molecular Potential for Atomisitic Simulation Study”的缩写。它是一个支持对凝聚态材料进行原子水平模拟的功能强大的力场。它是第一个由凝聚态性质以及孤立分子的各种从头算和经验数据等参数化并验证的从头算力场。使用这个力场可以在很大的温度、压力范围内精确地预测出孤立体系或凝聚态体系中各种分子的构象、振动及热物理性质。在COMPASS力场地最新版本中，Accelrys加入了45个以上的无机氧化物材料以及混合体系（包括有机和无机材料的界面）的一些参数，使它的应用领域最终包含了大多数材料科学研究者赶兴趣的有机和无机材料。你可以用它来研究诸如表面、共混等非常复杂的体系。COMPASS力场是通过Discover模块来调用的。 ·MS.Amorphous Cell PDF文件下载

Amorphous Cell允许你对复杂的无定型体系建立有代表性的模型，并对主要性质进行预测。通过观察体系结构和性质的关系，可以对分子的一些重要性质有更深入的了解，从而设计出更好的新化合物和新配方。可以研究的性质有：内聚能密度(CED)、状态方程行为、链堆砌以及局部链运动、末端距和回旋半径、X光或中子散射曲线、扩散系数、红外光谱和偶极相关函数等。Amorphous Cell的特征还包括提供：任意共混体系的建模方法（包括小分子与聚合物的任意混合）、特殊的产生有序的向列型中间相以及层状无定型材料的能力（用于建立界面模型或适应粘合剂及润滑剂研究需要）、限制性剪切模拟、研究电极化和绝缘体行为的Poling法、多温循环模拟以及杂化的蒙特卡罗模拟。 Amorphous Cell的使用需要Discover分子力学引擎的支持。 ·MS.Forcite PDF文件下载

先进的经典分子力学工具，可以对分子或周期性体系进行快速的能量计算及可靠的几何优

化。包含Universal、Dreiding 等被广泛使用的力场及多种电荷分配算法。支持二维体系的能量计算。MS4.0版本中可以进行刚体优化，同时还加入了分析 Discover 所产生的.arc和.his 轨迹文件的功能. ·MS.Forcite Plus PDF文件下载

先进的经典力学模拟工具，能够进行能量计算、几何优化、动力学模拟。可对从简单分子到二维表面到三维周期等范围很广的结构进行上述操作。一整套的分析工具可用来对诸如偶极相关等复杂性质进行分析。MS4.0版本中可以进行刚体优化，同时还加入了分析 Discover 所产生的.arc和.his轨迹文件的功能。 ·MS.GULP

GULP 是一个基于分子力场的晶格模拟程序，可以进行几何结构和过渡态的优化，离子极化率的预测，以及分子动力学计算。GULP既可以处理分子晶体，也可以计算离子性的材料。GULP可以计算的性质包括：氧化物的性质，点缺陷、掺杂和空隙，表面性质，离子迁移，分子筛和其他多孔材料的反应性和结构，陶瓷的性质，无序结构等，可应用于多相催化、燃料电池、核废物处理、蒸气电解、气体传感器、汽车尾气催化以及石油化工等诸多工业领域。 ·MS.Equilibria PDF文件下载

使用独有的NERD力场来计算烃类化合物单组分体系或多组分混合物的气液、液液相图，溶解度作为温度、压力和浓度的函数也可同时得到，还可计算单组分体系的二阶virial系数，临界常数和共存曲线可以通过Ising Scaling分析得到。适用领域包括石油及天然气加工过程（如凝析气在高压下的性质）、石油炼制（重烃相在高压下的性质）、气体处理、聚烯烃反应器（产物控制）、橡胶（作为温度和浓度的函数的不同溶剂的溶解度）。最新的版本中可计算的体系增加了：主要的醇类、硫化物、硫醇、氢化硫和氮气。 ·MS. Sorption  PDF文件下载

使用 Grand Canonical Monte Carlo (GCMC) 方法预测分子在微孔材料 (如分子筛) 中的吸附性质，可用于吸附等温线、结合位、结合能、扩散途径及分子选择性的研究。晶体、结晶与X射线衍射 ·MS.Polymorph Predictor PDF文件下载

Polymorph 是一个算法集，目的是测定晶体的低能多晶型。此方法可以与实验衍射数据相关联或者仅仅使用材料的化学结构来实现此目的。晶体的多晶型可能会导致不同的性质，因此判断哪种晶型更加稳定或者接近稳定态势非常重要的。在处理过程中微小的改变都会导致稳定性的大幅度变化。 Polymorph中的相似性挑选和聚类算法允许用户将相似模型归类，从而节省计算时间。 ·MS.Morphology PDF文件下载

从晶体的原子结构来模拟晶体形貌。可以预测晶体外形，研发特殊效果的掺杂成分，控制溶剂和杂质的效应。 ·MS.X-Cell PDF文件下载

已申请专利的X-Cell是一种全新、高效、综合、易用的指标化算法，它使用消光决定（extinction-specific）的二分法方法对参数空间进行详尽无遗的搜索，最终给出可能的晶胞参数的完整清单。在许多情况下显示出比DICVOL、TREOR 和 ITO更高的成功率。X-Cell可以很好的处理粉末衍射指标化中的许多难点，如样品含有杂质相、峰位重叠、零点偏移、极端形状的晶胞等。 ·MS.Reflex PDF文件下载

模拟晶体材料的X光、中子以及电子等多种粉末衍射图谱。可以帮助确定晶体的结构，解析衍射数据并用于验证计算和实验结果。模拟的谱图可以直接与实验数据比较，并能根据结构的改变进行即时的更新。粉末衍射指标化算法包括：TREOR90, DICVOL91, ITO and

X-cell。结构精修工具包括Rietveld精修和Pawley精修。。 ·MS.Reflex Plus PDF文件下载

在 Reflex标准功能的基础上加入已被广泛验证的Powder Solve技术，提供了一套可以从高质量的粉末衍射数据确定晶体结构的完整工具。包括粉末指标化、Pawley精修、解结构以及Rietveld精修。结构的全局搜索过程可以选用Monte Carlo模拟退火和Monte Carlo并行回火两种算法之一，求解过程中同时考虑到了优先取向的影响。 ·MS. Reflex QPA PDF文件下载

利用粉末衍射数据及Rietveld方法进行定量相分析的强大工具，可以通过多相样品的粉末衍射图判定不同组成成分相对比例的。用于化学品或医药工业中有机或无机材料组成成分的确定。量子力学 ·MS.DMol3 PDF文件下载

独特的密度泛函（DFT）量子力学程序，是唯一可以模拟气相、溶液、表面及固体等过程及性质的商业化量子力学程序，应用于化学、材料、化工、固体物理等许多领域。可用于研究均相催化、多相催化、半导体、分子反应等，也可预测诸如溶解度、蒸气压、配分函数、溶解热、混合热等性质。可计算能带结构、态密度。基于内坐标的算法强健高效，支持并行计算。MS4.0版本中加入了更方便的自旋极化设置，可用于计算磁性体系。4.0版本起还可以进行动力学计算。·MS.CASTEP PDF文件下载

先进的量子力学程序，广泛应用于陶瓷、半导体以及金属等多种材料。可研究：晶体材料的性质（半导体、陶瓷、金属、分子筛等）、表面和表面重构的性质、表面化学、电子结构（能带及态密度、声子谱）、晶体的光学性质、点缺陷性质（如空位、间隙或取代掺杂）、扩展缺陷（晶粒间界、位错）、成分无序等。可显示体系的三维电荷密度及波函数、模拟STM图像、计算电荷差分密度。MS4.0版本中加入了更方便的自旋极化设置，可用于计算磁性体系。4.0版本起还可以计算固体材料的红外光谱。

关于K点

1. 应当使用多少个k网格？ 很难一般地回答，只能给出一般建议。注意：一定要检查k网格，首先用较粗糙的网格计算，接下来用精细的网格计算。通过比较两次的结果，决定选用较粗糙的网格，或是继续进行更精细网格的计算，直到达到收敛。金属体系需要精细的网格，绝缘体使用很少的k点通常就可以。小单胞需要精细格点，大单胞很可能不需要。因此：单位晶胞内原子数很多（比如40-60个）的绝缘体，可能仅需要一个（移动后的）k点。另一方面，面心立方的铝可能需要上万个k点以获得好的DOS。对于孤立原子或分子的超晶胞，仅需要在Gamma点计算。对于表面（层面）的超晶胞计算，仅需要（垂直于表面）z方向上有1个k点。甚至可以增加晶格参数c，这样即使对精细格点，沿z方向上也只产生一个k点（产生k点后，不要忘记再把c改回）。

2. 当体系没有出现时间反演对称操作时，是否加入？

大多数情况下的回答是“是”，只有包含自旋-轨道耦合的自旋极化（磁性）计算除外。这时，时间反演对称性被破坏（+k和-k的本征值可能不同），因此决不能加入时间反演对称性。 3. 是否移动k网格？（只对某些格子类型有效）

“移动”k网格意味着把所有产生的k点增加(x,x,x)，把那些位于高对称点（或线）上的k点移动到权重更大的一般点上。通过这种方法（也即众所周知的“特殊k点方法”）可以产生等密度的，k点较少的网格。通常建议移动。只有一点注意：当对半导体的带隙感兴趣时（通常位于Gamma，X，或BZ边界上的其它点），使用移动的网格将不会得到这些高对称性的点，因此得到的带隙和预期结果相比或大或小。这个问题的解决：用移动的网格做SCF

循环，但对DOS计算，改用精细的未移动网格。

关于k空间布点的问题，建议参阅以下文献Phys.Rev.B 49,16223 (1994)

如何构建缺陷晶体结构

晶体结构改成P1，然后去掉想抹去的原子就可以了

在ms中如何做空穴

对于金属缺陷，是直接剪切一个原子？

个人经验：就是直接把原子去掉就ＯＫ；如果不是正版软件，有可能出现同时去掉其他同位置的原子，如果这种情况，就重新定义，问题就不会出现了．还有，一般考虑孔穴的时候，都要标明哪些原子的迟豫，具体为什么不知道，国外的文献有提到．希望有做空位的一起多讨论．我Ｑ：１８３８７６４０２

PDOS选项

计算DOS时，选择PDOS，可以画出s,p,d轨道的DOS，但无法画出某一个原子的s,p,d图

关于PDOS的Chart中求积分的问题

在用Castep计算出PDOS后,如何在Chart中对曲线局部进行积分?将Chart输出为cav格式,然后在excel中求和?

简单，把数据导出，在Origin里作图，程序里有积分微分卷积功能，在数据分析下面。作图时选取积分范围。

优化结构

算能带一般需要优化结构。如果选择实验的参数，全部固定的话就不需要了 如何做二维电子密度图

MS结果文件夹中*.grd文件内存储的是三维空间各点的电荷密度值，利用这个数据就可以得到二维的电荷密度等值线图,应该有专门的软件能画,不过用matlab编自己编程序也不难，其中关键命令是contourslice，实现在某一平面内绘制等高线

对DOS图的分析

根据DOS的积分曲线可以计算出，对于表面Nb和C原子，大约有16.8%和14.8%的电子态集中在4.0~2.0eV的区域，而对体相原子则分别为6.4%和6.0%

表面吸附

我做H在 ZnO上吸附。刚开始时后我构建的吸附构型忘记 impose symmetry了，Groupname 是 P1。

在第二次计算的时候 我加上了symmetry。

两次计算差别出来了： （1） 首先是 impose symmetry后，supercell中的原子位置由原来的现面跑到了上面，也就是和真空层换了一下位置！ 而且吸附原子竟然 超出了supercell的 白色线框！

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