phononpy中文使用说明(3)

2. Phonopy 的安装

phonopy 主要由 python 开发，其中的找晶体空间群功能是由 C 语言(spglib)实现。在安装 phonopy 时需要安装以下它所依赖的软件包： Python 的开发包 numpy ,numpy-dev matplotlib python-lxml python-yaml

如果是使用的 Ubuntu/Debian 系统只需：

sudo aptitude install python-dev python-numpy \\ python-matplotlib python-tk python-lxml python-yaml 如果是 OpenSUSE 则可以去

http://software.opensuse.org/search 搜索下载安装相关软件包。

去 https://sourceforge.net/projects/phonopy/ 下载 phonopy 的最新软件包. 解压后进入 软件包的 c 目录， su

python setup.py install 编译安装所需要的 python 模块。 将 PATH/phonopy-0.6.1 $PATH 里：

比如：

export PATH=~/opt/phonopy-0.6.1:$PATH 3. Phonopy 的简单使用

下面我以 BC5 为例说明如何和 VASP 做接口计算声子谱： a, 建立超胞 准备 POSCAR 文件 单胞和原胞都可以 准备 INPHON 文件 ATOM_NAME = B C NDIM = 2 2 1 LSUPER = .TRUE. 简单说明：

第一行为原子符号名 B C ，注意要和 POSCAR 中的顺序相同。 第二行为要建的超胞的维数。

第三行是指要建立移动原子的 POSCAR. 然后输入命令： phonopy.py

就会输出 DISP, POSCAR-* (001, 002, 003, …) 在本例出会输出 12 个 POSCAR-*, 依次为 POSCAR-001,…POSCAR-012 b, 计算力常数

将这些 POSCAR-* 做 SCF, 将输出文件 vasprun.xml 保存下来。

我的计算脚本为： #!/bin/sh

for a in 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 do

cp POSCAR-0$a POSCAR

/opt/intel/impi/3.1/bin64/mpiexec -n 8

/share/apps/vasp/bin/vaspmpi_mkl10_O1 >>out.vasp 2>>err.vasp& wait

cp vasprun.xml vasprun.xml-0$a done

我的 INCAR 为： SYSTEM = BC5 PREC = Accurate ENCUT = 520 EDIFF = 1e-5 NSW = 0 ISMEAR = 0 SIGMA = 0.05 LCHARG = FALSE LWAVE = FALSE

这样计算结束后会得到 vasprun.xml-001, …, vasprun.xml-012 然后，执行命令：

phonopy.py -f vasprun.xml-* 就会得到文件 FORCES c, 得到声子谱

有了文件 FORCES 后就可以计算声子谱了，这时将 INPHON 改为以下内容： ATOM_NAME = B C NDIM = 2 2 1 ND = 7 NPOINTS = 51

QI = 0.0 0.0 0.5 0.0 0.5 0.5 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 0.5 0.0 0.5 0.0 0.0 0.5 0.0 0.5

QF = 0.0 0.5 0.5 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 0.5 0.0 0.5 0.0 0.0 0.5 0.0 0.5 0.5 0.5 0.5 简单说明：

ND 是指有几条路径；

NPOINTS 是指在每两个高对称性点间插入多少个点，包括边界； QI 和 QF 给出路径的起始和结束点。 其中我用的 Q 点顺序为： 0.0 0.0 0.5 Z

0.0 0.5 0.5 T 0.0 0.5 0.0 Y 0.0 0.0 0.0 G 0.5 0.5 0.0 S 0.5 0.0 0.0 X 0.5 0.0 0.5 U 0.5 0.5 0.5 R 执行 命令 phonopy.py -p

即可画出声子谱， 如果执行 phonopy.py -p -s

即可将声子谱曲线保存为 PDF 文件。

其中 声子谱的数据是以 yaml 格式保存在 band.yaml 里的。 如果你想用 Origin, Qtiplot, Xmgrace 等工具画图的话，可以用我写的 python 脚本，

readband.py (http://www.zhuli.name/file/readband.py) 将 band.yaml 转换一下，输出文件有两个 band.dat, qpoint.dat.

其中 band.dat 是声子谱数据， qpoint.dat 是高对称性点的数据。

以上只是 phonopy 的其本用法，如果要计算声子态度度和热力学性质的话可以参考

http://phonopy.sourceforge.net 上的文档，还是比较简单的。

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