NTSYSpc使用说明

NTSYSpc的使用方法

一、数据的处理 1、读板

2、把每一个引物的读板数据用Excel表格排成一列：

eg：10个材料用satt140读出5个多态性位点应列表——

材料 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 引物satt140 3 4 5 2 4 1 3 —— 4 2 缺失数据 3、再把上表列成NTSYS能识别的格式—— eg：10个材料用satt140读出5个多态性位点应列表——

（有带读1、无带读0、缺失读999）

1 2 Excel-数据－筛选－自动筛选 3 4 5 2 4 1 3 —— 4 2 Satt140-1 0 0 0 0 0 1 0 999 0 0 Satt140-2 0 0 0 1 0 0 0 999 0 1 Satt140-3 1 0 0 0 0 0 1 999 0 0 Satt140-4 0 1 0 0 1 0 0 999 1 0 Satt140-5 0 0 1 0 0 0 0 999 0 0 3 4 5 6 7 8 这排在数据转换的时候应去掉！！！ 9 10 注：应用筛选的方法填写数据 注：一般情况下不只是satt140一个引物，而是多个引物，则应该把各个引物的如上数据合

成在一个工作簿中，并只保存一个工作表sheet1，输入完毕后，将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘，如下图——（这样就可以用NTSYS－pc分析）

二、NTSYSpc用法

1、生成矩阵：在excel按如下规则输入数据，A1=1表示有带记为1，B1=10表示扩增的总条带数， C1=5表示样本数，D1=0表示无带记为0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A列表示引物名称。见下图：

输入完毕后，将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘。并且只能保存sheet1一个工作簿。（注：这里的B1和C1颠倒，应该在qualitative data一步中选by rows） 2、生成系统树：

打开NTSYS-PC程序，点击similarity出现如下界面：

再点击Qualitative data，出现下面的界面：

点击input file，打开生成的excel文件，点击out file起一个文件名（假设叫A），然后点击

compute按钮。继续点击clustering，出现下面的界面，

再点SHAN，出现如下界面：

点击input file，打开文件A，点击out file起一个文件名（假设叫B），然后点击compute按

钮。然后点Graphics

再点tree plot，出现下面的界面：

点击input file，打开文件B，然后点击compute按钮，就会出现聚类图。

3、生成遗传相似度表：

点File中的Edit file,打开文件A，再点compute按钮，就会得到遗传相似度表。

这个软件的功能很强大，但我也只会做聚类图和遗传相似度，如果其他朋友还会使用其它功能，请多交流。

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