GaussianFAQ实践版

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yjcmwgk (站内联系TA)

对GaussianFAQ的改进建议，请在http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=1734563回帖。

第一章：Gaussian初识： （1.1）

版本一：高斯是不是免费的啊？ 版本二：高斯哪里能下载啊？ 版本三：高斯卖多少钱？

版本四：听说使用高斯涉及到版权问题，能不能具体说说呢？

高斯软件是Gaussian公司开发的商业软件，不是免费的。 Gaussian公司官方网站： http://www.gaussian.com/

Gaussian公司中国代理商：上海源资信息科技有限公司。网址：http://www.tri-ibiotech.com.cn/ 如需下载试用Gaussian和GaussView，请于互联网上自行搜索。 Gaussian09的中国售价：

Linux/UNIX版多核心版，单一服务器全新安装，42434人民币，不限制装机器的节点数目

Linux/UNIX版多核心版，单一服务器从G03升级，36799人民币，不限制装机器的节点数目

分布式计算的PC集群或服务器集群，亦被看做是单一服务器。

单核心版计算能力有限，Windows版计算能力更有限，在此不再赘述。感兴趣的读者请参考1.4

高斯售价参考网页：http://www.gaussian.com/g_prod/prix.htm 试用互联网上下载的高斯软件，进行计算一般是没问题的，但是切勿把计算结果拿出来发表论文。否则，你的通讯作者将受到严厉的惩罚，即终身不得使用高斯公司的软件进行科学研究。一旦被高斯公司的“反侵权部门”查实并通告通讯作者本人，那么这位通讯作者今后即使花钱买，也得不到高斯公司的任何软件。

如果没有高斯版权，但又希望在自己的paper里加入使用高斯软件进行计算的部分，那就需要经过Gaussian公司的特别授权。如何得到授权呢？一般来说，需要在paper的合作单位中出现购买过高斯软件的单位，合作作者中出现这一合作单位的作者，并在paper的acknowledgment部分中提到这一拥有高斯软件版权的合作单位的合作作者在计算部分所做工作量，一般来说就默认获得了Gaussian公司对高斯软件的使用授权。当然，这一合作单位和合作作者是不能随便添加的，需要得到相关单位和当事人的许可。 （1.2）

我现在想学高斯，不知道大侠有没有什么高见啊？我该看什么书啊？ 暂时的最佳答案

首先要学习的就是一本高斯入门书。这里我个人推荐郭勇的《高斯使用指南》，很简单的一本书，完全就是为那些一点高斯基础都没有的人准备的。【图1】

此外，一定要学学群论。我个人推荐科顿的《群论在化学中的应用》一书，完全就是为那些一点群论基础都没有的人准备的。当然，你很可能要补一点数学知识，主要是线性代数。原书是英文版，但是超星上有中译本。【图2】

量子化学的入门书一定要读一本。徐光宪的《量子化学 : 基本原理和从头计算法》就是极好的。【图3】

高斯公司出版的《高斯说明书》才是用高斯软件的终极教程——试想，谁又能比高斯软件开发公司更了解高斯软件本身呢？读完了郭勇的《高斯使用指南》，再读《高斯说明书》。【图4】如果想多了解一些，请看本FAQ的第四章第八节。 以上所有的资料都能免费下载，只要你有谷歌！ （1.3）

和高斯接口的免费可视化软件都有哪些？

molden, arguslab, molkel, gabedit, vmd, gausssum, gopenmol,Facio, MASK, GsGrid 小卒版主说，这个问题的答案，以后有时间会继续扩充。先做个标记 （1.4）

难道非要用Linux算高斯吗？Windows算高斯的缺陷是什么？

后续问题：听说Linux很难的。我是电脑小白，在Windows上都不太懂，只会最基本的操作，看看电影听听歌而已。连Windows系统都是别人替我装的。Linux我能学会吗？ 后续问题：为什么Linux那么难看？看见一行一行的命令，就一点研究它的兴趣也没有了。听说Linux也是有桌面的，为什么师兄师姐们从来不用Linux的桌面呢？你们所说的那个SSH又是个什么软件啊？头大ing……

Linux做高斯计算比Windows优势大得多。Windows对并行处理、频繁存取、超大文件、海量运算，都是瓶颈，而这些都将是你运行高斯的大障碍。你现在算个水分子、算个甲烷分子，你用Windows觉得还挺不错的，但是你的计算量一旦变大，你将会对“Windows做计算”极为失望。

你可以用mem指定你希望能被高斯调用的最大内存。但是，Windows有自己的一套内存调用规则（高斯毕竟是一个应用软件，Windows则是操作系统。Windows能管着Gaussian） 好了，我形象化的说说这个事儿吧

Gaussian软件（以下简称高斯）说：“我要1G内存！” Windows操作系统内核（以下简称系统）说：“行！如你所愿” 过了一会儿……

高斯：“你给我的1G内存，我咋觉得这么不对劲儿呢？” 系统：“咋就不对劲儿了？”

高斯：“就50多M的内存空间读写速度正常，另外950M的内存空间读写速度超慢！” 系统骗高斯：“哦，内存条质量不好，凑合着用吧！”

高斯：“NND，主人要做高斯计算，却买这么慢的内存条，我不干活了！我要怠工！” 于是高斯Link died。:D

真实情况是：Windows对内存使用的控制是非常苛刻的。高斯申请1G的内存，那么Windows也就拿出50M的真正的内存空间给高斯，剩下950M的都是用硬盘空间来“伪装”出来虚拟内存。每当有某软件要求巨大内存的时候，Windows都会用虚拟内存来应付，而软件就以为这是真内存，还用的不亦乐乎。说白了，Windows不是一个设计用来运行“海量数据频繁内存读写”的程序的操作系统，它为了勉强运行这种程序，他就用虚拟内存来欺骗，事实上是硬盘在起到内存的作用，而硬盘的读写速度不到内存的十分之一。这样造成的直接严重后果是：即使电脑资源一样大，在Windows和Linux下运行同样的任务，后者往往比前者快3到20倍。这也是我们一直推荐使用Linux的原因。

我给Windows和Linux分别打个比方：Windows是一辆精致的法拉利，很漂亮、很人性化、操作很简便（其实Windows也有自己的复杂和高明之处，只是你从没使用过它们），但是她终究是一辆小轿车。而Linux是一辆载重数十吨的斯太尔大卡车。搬运大量货物（大量数据的海量计算）还是要靠Linux。运送一个小箱子，法拉利和斯太尔没什么区别，但是如果运送一个集装箱呢？为了能顺利运送集装箱，请学习Linux

如果你既想享受法拉利的精致，也想得到斯太尔的强大工作能力，你就装一个SSH软件吧。【图5】SSH就像你的忠实信使，在Linux和Windows之间传达各种指令。你的师兄师姐会教给你如何用好SSH。

另外，不要总想着使用Linux的GUI。其实Linux有比Windows更绚丽的桌面系统，但是它对你的高斯计算毫无意义，而且会占用更多的服务器资源。把这些资源用在你的高斯计算上，比浪费在运行图形界面上更有意义。DIY是Linux很重要的宗旨之一：合适就选，不合适就不选。这比Windows强制安装“用户一辈子也不会需要的许多功能”强多了。 其实吧，现在作为初学者，你也没必要去管那些面目可憎的命令行，那还是你的师兄师姐的事儿。作为一个新手，你记住，服务器的维护管理自然有你的师兄师姐来完成，你仅仅是使用者，而且是非常初级的使用者——我这样说，并没有一点点轻视你的意思，请勿误解。因此，你所要知道的仅仅是最常用的命令即可： ssh zzz 进入zzz服务器

exit 离开当前服务器

mkdir 建立文件夹

rmdir 删除空文件夹 rm -fr

删除非空文件夹

ls 列出本文件夹下的所有文件和子文件夹 vi xxx.xxx 建立新文件xxx.xxx

top 打开任务管理器

rm xxx.xxx 删除文件xxx.xxx

nohup g03 xxx.com xxx.log & 运行高斯文件xxx.com进行计算

cd xxxx 进入xxxx子文件夹

cd .. 返回上层文件夹

formchk xxx.chk xxx.fchk 用xxx.chk生成xxx.fchk

scp xxx.xxx nod:/aaa/bbb/xxx.xxx

将xxx.xxx这个文件复制到nod下的/aaa/bbb/文件夹下 scp -r xxx nod:/aaa/bbb

将xxx这个文件夹复制到nod下的/aaa/bbb/文件夹下 date

查看系统时间和系统日期 date -s 15:12:07 把系统时间改为15:12:07 date -s 101010

把系统日期改为2010年10月10日（这是公历，不是农历:P） cubman 使用高斯的cubman命令

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