VASP处理split_dos(3)

fi

if [ $i -gt 0 ]; then

# Atomic projected DOS

if [ $nspin -eq 2 ]; then sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf \$4, -1*$5, $6, -1*$7}' >> DOS$i else sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf \ fi

else

# Total DOS

if [ $nspin -eq 2 ]; then sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf \.8f .8f .8f .8f \\n\$1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5 }' >> DOS$i else

sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf \\\n\ fi

fi

start=$((end+2)) end=$((start+nl-1)) i=$((i+1)) done else

while [ $i -le 0 ]; do #这个奇怪，为什么要讨论

i<0呢？不是只需

考虑i>=0吗？前面已经全部包含了的呀？

#echo $i $start $end

if [ $i -gt 0 ]; then

sed -n ''$i' p' tmp.dat2 >| DOS$i

fi

if [ $i -gt 0 ]; then

# Atomic projected DOS

if [ $nspin -eq 2 ]; then sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf \$4, -1*$5, $6, -1*$7}' >> DOS$i else sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf \ fi

else

# Total DOS

if [ $nspin -eq 2 ]; then sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf \.8f .8f .8f .8f \\n\$1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5 }' >> DOS$i else

sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf \\\n\ fi

fi

start=$((end+2)) end=$((start+nl-1)) i=$((i+1)) done fi

exit 0

你自己用fortran写个都比这个简单多了.

呵呵，想学学linux的shell编程，觉得shell编程比fortran好用呢。不过我不是反对fortran编程。

而是想通过这个来看看它处理数据的思路，这样用改用fortran也容易些。

这个split_dos不包括f电子。而且看起来比较古老，跟真实的DOSCAR的格式有出入。

比如我的DOSCAR,

(1)ISPIN=2, LORBIT=11,对于不含f电子的体系， DOSCAR site projected DOS有19列数字，分别是

energy, s(+/-),Px(+/-),Py(+/-),Pz(+/-),D1(+/-),D2(+/-).D3(+/-).D4(+/-),D5(+/-);

(2)ISPIN=2,LORBIT=11,含有f电子的体系有33列数字。在以上19列数字后再添加7个f的上下选（14个）。

(3)ISPIN=1,LORBIT=11,则上下旋合并，不含f电子的体系有10列数字,分别是： energy,s,Px,Py,Pz,D1,D2,D3,D4,D5.

(4)ISPIN=1,LORBIT=11，含有f电子的体系，增加7f电子，共17列数组。

这四种情况，没有一种是现在列出的split_dos可以处理的。

比如，对于情况（1），要得到sLDOS的O2p上旋态密度,是不是要把Px+Py+pz；而下旋态密度为 Px(-)+Py(-)+Pz(-)？

是的,需要都加起来.但是vasp提供了一个参数可以直接给出s,p,d而不是px,py...值.

我也是改的这个脚本，把其中处理数据列的部分增加后用于提取包含20列数据，即到d电子所有轨道的DOSCAR，要处理f电子的话，增加提取并输出的列数就可以了。

shell编程的优势我认为在于格式化读入和输出，语句很简洁而且功能强大，但是不适合用来做运算。我原来试过用shell写态密度相加的程序，但是运行起来非常非常的慢，所以后来我用C语言写了处理态密度的程序。

我的输入法不是很好所以经常有错别字，抱歉，发现请告知

下面开始了：

#!/bin/ksh

#ksh是linux下面的一种shell，指定shell类型。另一个常用的shell是bash。有些系统默认是bash而没有安装ksh，运行这个脚本就会出错。

# Script to break the VASP DOSCAR file into segments for # each atomic site. # JMS NRL 5/0/02

# Modified to also align the Fermi level from the ground state # to E=0.0

# JMS NRL 6/19/02

#注释信息。split_dos是JMS NRL发布的处理VASP输入输出文件的脚本包中的一个。

# Executables reside here #BIN=~/bin

#这里可以通过设置执行文件的位置，也可以设置PATH环境变量，例如： #export PATH=$PATH: (vp和split_dos所在的文件夹)

# GH: replace this so that it looks for vp in the same directory as this script EXE=$0

#$0即这个脚本split_dos，是完整路径

BIN=${EXE%/*}

#变量替换，获得split_dos所在的文件夹。%表示从后往前处理字符串EXE,删除匹配\正则表达式的部分,在bash下面试试你就知道了。

if [ $# -ne 0 ]; then

echo \ exit 2 fi

#$#表示跟在split_dos的参数个数。split_dos是不带参数的，所以如果$#!=0说明输入错误，停止程序。

# Script to split the DOSCAR file into the atomic # projections labeled by atom number dosfile=DOSCAR outfile=OUTCAR infile=INCAR #定义输入文件

# Token for splitting the files

token=$(sed -n '6 p' $dosfile | awk '{print $1}') #这样得到的是DOSCAR中的最高能量值

#|是管道，把左边的命令的输出输出给右边的命令作为输入。

#sed的作用是输入第六行，p表示答应,-n选项是不输出其他行（默认会打印整个文件）。 #awk就是把文件分割成很多列，$1表示第一列，print就是输出第一列。可以通过数学表达式对输出的列进行计算，例如:print $1^2，表示输出平方。

#sed 和awk是很强大的文本和字符串处理工具，功能没有perl强大但是方便快捷，适合在shellscript中用。强烈建议学习一下基本用法。

# Number of points

nl=$(sed -n '6 p' $dosfile | awk '{print $3}')

#得到DOSCAR中的分立能量值，即最高到最低中多少个能量，也就是有多少行要处理。

# Number of atoms

natom=$(sed -n '1 p' $dosfile | awk '{print $1}')

#原子个数，最后会得到多少DOS文件取决于这个数。

# Get the Fermi level if the OUTCAR file is present, # else we set it to zero. if [ -a $outfile ]; then

#如果存在OUTCAR，如下处理

echo \ echo \

efermi=$(grep \ #获取Fermi能

#grep是一个基本而强大的搜索文本的工具（不是shell自带），可以输出文本中匹配正则表达式的行。

#tail表示输出文件的末尾。-1表示最后一行，-10就表示最后10行（默认）。 echo \

nspin=$(grep \ #判断是否有自旋

if [ $nspin -eq 2 ]; then

echo \ else

echo \ fi

# 2.a

# JMS 2/3/03 Modified to accept specification by LORBIT token. #

lorbit=$(grep \ #获取LORBIT的值

if [ $lorbit -eq 10 ]; then echo \

echo \

echo \ form=1

elif [ $lorbit -eq 11 ];then echo \

echo \

echo \ form=2 else

#不同的LORBIT采用不同的处理,有form这个变量标志。

# 2.a

rwigs=$(grep \ #获取所谓的wig半径

if [ $rwigs -eq -100 ]; then

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