24597DNAStar中文使用说明书(7)

从GeneQuest开始 GeneQuest可以帮助你发现和注释DNA序列中的基因，并帮助您操作生物学所关心的DNA的其他feature：包括ORFS、拼接点连接，转录因子结合为点、重复序列、限制性内且酶酶切位点等。通过应用“methods”到序列，序列的feature可以以图形的形式展示出来。你可以在序列上注释任何你发现的feature。和其它的Lasergene应用程序一样，GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez寻找功能。

GeneQuest能直接打开DNASTAR，ABI和GenBank文件。其他格式的序列文件也可以使用EditSeq改为DNASTAR格式。如果你知道Genbank序列的登录号或名称，你可以直接打开序列。另外，你还可以在Entrez数据库进行序列查找和输入。

如果在使用这软件中需要帮助，可以和DNASTAR联络。电话：（608）258-7420，传真：（608）258-7439，电子信件：support@dnastar.com，或者经http://www.dnastar.com.

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内容 打开已有分析文件 33 GeneQuest的DNA分析方法 34 用分析方法操作 35 方法参数改变 36 结果展示优化 37 Feature注释 38 BLAST检索 39 Entrez Database检索GeneQuest的其他特点保存分析文件 43

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41 42 打开已有分析文件

在这一节中，我们将对已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest分析）“Nematode R01H10.”进行操作。 ? 从文件菜单，选择Open打开一

个和右边相似的窗口。 ? 在苹果计算机上，从Show菜单

中选择GeneQuestDocument文件。在Windows上，从文件类型菜单(Files of Type)的中选择GeneQuest Documents。

? 用文件管理系统打开名为“Demo Sequences.”的文件夹。双击

Nematode R01H10，就可以打开下面的窗口。

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GeneQuest的DNA分析方法

打开GeneQuest文件后，下一步是选择应用方法。应用方法后，结果的图形显示可以帮助你了解序列上感兴趣的features。打开序列后，你会发现只有几种方法应用后的结果展示在窗口内。在下一部分中，我们将学习如何把其它方法用于我们序列的分析。 ? Title——给文件取名。 ? Ruler——在文件中加入标尺。 ? Sequence——显示文件中的序列。 ? Patterns-Matrix——方法的运算参数。 ? Patterns-Signal——转录因子结合位点数据库。

? Patterns-Type-In Patterns——使用键盘输入运算所需的Pattern参

数。

? Repeats-Inverted Repeats——寻找反向重复序列。 ? Repeats-Dyad Repeats——寻找Dyad重复和palindromes。 ? Repeats-Direct Repeats——寻找正向重复序列。

? Gene Finding - DNA Finder————在打开的DNA序列中寻找指定

DNA序列。分别显示正义连和反义连的寻找结果。

? Gene Finding - Protein Finder——在打开的蛋白质序列中寻找指定

DNA序列的翻译序列。显示结果为全部6个读框。

? Enzymes-Restriction Map——用DNASTAR酶目录中的酶分析打开

的序列，并以图形方式展示。

? Coding Prediction - Borodovsky——用Borodovsky’s Markov方法

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来识别潜在的基因编码区，并以图形方式展示。

? Coding Prediction - Starts Stops ORFs——根据指定的ORFs的最小

长度，寻找可能的开放读框，可以选择是否需要起始密码子。读框的启始和中止点分别展示。

? Coding Prediction—Local Compositional Complexity——根据

Shannon信息学原理寻找有基因编码提示信息的区域。

? Base Contents-Base Distribution——序列上4种碱基、A+T和G+C的

频率、分布，以及AT和gc分布区域。

? Bent DNA - Bending Index——DNA折叠预测。

用分析方法操作

调用新的GeneQuest方法的步骤是：从More Methods中选择方法，加入方法帘（method curtain），待方法运行完毕后，选择性的拖取结果放入分析界面（assay surface）即可（见右图）。在本节中，我们使用Bent DNA - Bending Index方法进行分析。 ? 从

ANALYSIS

MENU选择Show Available Methods可以打开方法帘，也可以通过

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