基因表达分析(5)

（3）可变的acceptor位点 （4）exon越迁

（5）互相排斥的exon

图7-11 可变剪切的不同类型 7.1.4 实例

下面我们以水稻的Rubisco activase基因为例，看一下它的可变剪切形式有哪些？ 方法步骤：

（1）在NCBI数据库中搜索水稻的Rubisco activase基因相关的EST数据，包括CDS （2）收集到180条EST数据

（3）用phrap软件拼接这些序列，得到6个contigs

（4）将这6个congtigs用sim4软件比对到水稻的基因组上

（5）可以看出Rubisco activase至少存在两种剪切形式。如图7-12所示。

图7-12 水稻Rubisco activase基因的剪切形式 2 基于EST序列比较的SNPs的筛查

（1）Picoult等利用公共的EST数据库快速筛查候选的SNPs。他们从EST数据库中提取了19个不同的cDNA文库，利用Phred软件对300，000条EST序列进行碱基判读，然后用Phrap软件进行重叠群组装，最后用Consed软件进行SNP的查看分析。他们共筛查出850个候选的SNPs位点，然后他们选取88个位点，证实了55个，证实率62.5%。

（2）Useche等采用Phrap/CAT/PolyBayes软件从公共数据库下载了68,000条玉米的EST序列，发现了2439个候选的SNPs位点以及822个插入/缺失多态性位点（InDel）。

（3）Jalving等通过对来自ChickEST计划的327,000条EST检测候选的SNP位点，利用Phred/Phrap/Consed软件包共筛查出32,268个候选SNPs位点。并构建了一个高密度的SNP遗传图谱。为了证实其可靠性，选取24个BalⅡ酶作用的SNPs位点，进行RFLP检测，并证实了21个位点，检出率87.5%。

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