第二章 核酸化学
一、名词解释:
1.磷酸二酯键:核酸分子中前一个核苷酸的3`-羟基和下一个核苷酸的5`-磷酸脱水缩合形成的化学键称为磷酸二酯键。
2.碱基互补规律:DNA分子组成中腺嘌呤和胸腺嘧啶配对,鸟嘌呤与胞嘧啶配对,这种配对规律称为碱基互补规律。
3. 退火:加热变性DNA溶液缓慢冷却到适当的低温,则两条互补链可重新配对而恢复到原来的双螺旋结构的现象。
4.DNA的熔解温度:DNA加热变性过程中,紫外吸收值达最大吸收值一半时所对应的温度。 5.核酸的变性:在某些理化因素作用下,DNA双螺旋区氢键断裂,空间结构破坏,形成单链无规则线团状态的过程;
核酸的复性:在适宜条件下,变性DNA分开的两条单链可重新形成链间氢键,恢复双螺旋结构,这个过程称为复性。
6.减色效应:复性DNA由于双螺旋的重新形成,在260nm处的紫外吸收值降低的现象。 7.增色效应:变性DNA由于碱基对失去重叠,在260nm处的紫外吸收值增加的现象。 二、填空题
1.DNA双螺旋结构模型是 Watson-Crick 于 1953 年提出的。 2.核酸的基本结构单位是 核苷酸 。 3.脱氧核糖核酸在糖环 C2’位置不带羟基。
4.两类核酸在细胞中的分布不同,DNA主要位于 细胞核 中,RNA主要位于 细胞质 中。 5.核酸分子中的糖苷键均为 β 型糖苷键。糖环与碱基之间的连键为 糖苷 键。核苷酸与核苷酸之间通过 磷酸二酯键 键连接成多聚体。 6.核酸的特征元素是 磷(P) 。
7. DNA在水溶解中热变性之后,如果将溶液迅速冷却,则DNA保持 单链 状态;若使溶液缓慢冷却,则DNA重新形成 双链 。
8.真核细胞的mRNA帽子由 m7G 组成,其尾部由 polyA 组成。 9.常见的环化核苷酸有 cAPM 和 cGMP 。其作用是 起第二信使作用 。 10.DNA双螺旋的两股链的顺序是 反平行/互补 关系。
11.给动物食用H标记的 胸腺嘧啶(T) ,可使DNA带有放射性,而RNA不带放射性。 12.B型DNA双螺旋的螺距为 3.4nm ,每匝螺旋有 10 对碱基,每对碱基的转角是 36 o 。 13.在DNA分子中,G-C含量高时,比重 大 ,Tm(熔解温度)则 高 ,分子比较稳定。 14.在 退火 条件下,互补的单股核苷酸序列将缔结成双链分子。
15. 信使(m) RNA分子指导蛋白质合成, 转运(t) RNA分子用作蛋白质合成中活化氨
3
基酸的载体。
16. tRNA的二级结构呈 三叶早 形,三级结构呈 倒L型 形,其3'末端有一共同碱基序列 CCA ,其功能是 携带活化了的氨基酸 。
17.DNA变性后,紫外吸收 增加 ,粘度 下降 、浮力密度 升高 ,生物活性将 丧失 。 18.因为核酸分子具有 嘌呤 、 嘧啶 ,所以在 260 nm处有吸收峰,可用紫外分光光度计测定。
19.双链DNA热变性后,或在pH2以下,或在pH12以上时,其OD260 增加 ,同样条件下,单链DNA的OD260 不变 。
20.DNA样品的均一性愈高,其熔解过程的温度范围愈 窄 。
21.DNA所在介质的离子强度越低,其熔解过程的温度范围愈 宽 ,熔解温度愈 低 ,所以DNA应保存在较 高 浓度的盐溶液中,通常为 1 mol/L的NaCl溶液。
22.mRNA在细胞内的种类 多 ,但只占RNA总量的 2-5% ,它是以 DNA为模板合成的,又是 蛋白质 合成的模板。
23.维持DNA双螺旋结构稳定的主要因素是 碱基堆积力 ,其次是 氢键 。 三、选择题
1.真核生物染色体最小结构单位是: ( D ) A.质粒 B.核糖体 C.染色体 D.核小体 2.hnRNA是下列哪种RNA的前体?( C ) A.tRNA B.rRNA C.mRNA D.SnRNA
3.决定tRNA携带氨基酸特异性的关键部位是:( A ) A.–XCCA3`末端 B.TψC环;
C.DHU环 D.额外环 E.反密码子环
4.下面关于OD260/OD280比值的应用阐述哪一条是正确的?( A ) A DNA样品的OD260/OD280比值大于1.8时,说明样品纯度高;
B DNA样品的OD260/OD280比值大于1.8时,说明样品不纯,有蛋白质污染; C RNA样品的OD260/OD280比值大于1.8时,说明样品纯度高;
D RNA样品的OD260/OD280比值大于1.8时,说明样品不纯,有蛋白质污染; 5.构成多核苷酸链骨架的关键是:( E ) A.2′3′-磷酸二酯键 B. 2′4′-磷酸二酯键
C.2′5′-磷酸二酯键 D. 3′4′-磷酸二酯键 E.3′5′-磷酸二酯键 6.与片段TAGAp互补的片段为:( C ) A.AGATp B.ATCTp C.TCTAp D.UAUAp 7.含有稀有碱基比例较多的核酸是:( C )
A.胞核DNA B.线粒体DNA C.tRNA D. mRNA 8.真核细胞mRNA帽子结构最多见的是:( B ) A.m7APPPNmPNmP B. m7GPPPNmPNmP
C.m7UPPPNmPNmP D.m7CPPPNmPNmP E. m7TPPPNmPNmP 9. DNA变性后理化性质有下述改变:( B ) A.对260nm紫外吸收减少 B.溶液粘度下降 C.磷酸二酯键断裂 D.核苷酸断裂
10.双链DNA的Tm较高是由于下列哪组核苷酸含量较高所致:( D ) A.A+G B.C+T C.A+T D.G+C E.A+C
11.下列对于环核苷酸的叙述,哪一项是错误的?( A ) A.cAMP与cGMP的生物学作用相反 B. 重要的环核苷酸有cAMP与cGMP C.cAMP是一种第二信使 D.cAMP分子内有环化的磷酸二酯键 四、是非判断题
(×)1.DNA是生物遗传物质,RNA则不是。 (×)2.脱氧核糖核苷中的糖环3’位没有羟基。 (√)3.真核生物成熟mRNA的两端均带有游离的3’-OH。 (×)4.核酸的紫外吸收与溶液的pH值无关。
(×)5.生物体的不同组织中的DNA,其碱基组成也不同。
(√)6.核酸中的修饰成分(也叫稀有成分)大部分是在tRNA中发现的。 (×)7.DNA的Tm值和AT含量有关,AT含量高则Tm高。 (×)8.真核生物mRNA的5`端有一个多聚A的结构。 (√)9.DNA的Tm值随(A+T)/(G+C)比值的增加而减少。
(√)10.B-DNA代表细胞内DNA的基本构象,在某些情况下,还会呈现A型、Z型和三股螺旋的局部构象。
(×)11.mRNA是细胞内种类最多、含量最丰富的RNA。 (√)12.tRNA的二级结构中的额外环是tRNA分类的重要指标。
(×)13.对于提纯的DNA样品,测得OD260/OD280<1.8,则说明样品中含有RNA。 五、简答题
1.指出核苷酸分子中的结构组成及连接键性质?
答:核苷酸由戊糖、磷酸和碱基以及:1:1的分子比例组成,戊糖环上的C1与嘧啶碱基的N1或嘌呤碱基的N9以β-糖苷键相连;戊糖的C5与磷酸基团以5`磷酸酯键相连。
2.对一双链DNA而言,若一条链中(A+G)/(T+C)= 0.7,则: (1)互补链中(A+G)/(T+C)= ? (2)在整个DNA分子中(A+G)/(T+C)= ?
(3)若一条链中(A+ T)/(G +C)= 0.7,则互补链中(A+ T)/(G +C)= ? (4)在整个DNA分子中(A+ T)/(G +C)= ? 解:(1)设DNA的两条链分别为α和β,那么: A =βT,Tα=Aβ,Gα=Cβ,:Cα=Gβ,
因为,(Aα+ Gα)/(Tβ+ Cβ)= (Aα+ Gα)/(Aβ+ Gβ)= 0.7 所以,互补链中(Aβ+ Gβ)/(Tβ+ Cβ)= 1/0.7 =1.43 (2)在整个DNA分子中,因为A = T, G = C, 所以,A+G = T+C,(A+G)/(T+C)= 1 (3)假设同(1),则
Aα+ Tα= Tβ+ Aβ,Gα+ Cα= Cβ+Gβ,
所以,(Aα+ Tα)/(Gα+Cα)=(Aβ+ Tβ)/(Gβ+Cβ)= 0.7 (4)在整个DNA分子中
(Aα+ Tα+ Aβ+ Tβ)/(Gα+Cα+ Gβ+Cβ)= 2(Aα+ Tα)/2(Gα+Cα)= 0.7 3.DNA热变性有何特点?Tm值表示什么?
答:将DNA的稀盐溶液加热到70~100℃几分钟后,双螺旋结构即发生破坏,氢键断裂,两条链彼此分开,形成无规则线团状,此过程为DNA的热变性,有以下特点:变性温度范围很窄,260nm处的紫外吸收增加;粘度下降;生物活性丧失;比旋度下降;酸碱滴定曲线改变。Tm值代表核酸的变性温度(熔解温度、熔点)。在数值上等于DNA变性时摩尔磷消光值(紫外吸收)达到最大变化值半数时所对应的温度。
4.比较RNA和DNA的化学组成、连接键性质及生物功能。
答:答:化学组成:RNA的基本结构单元是核苷酸,由核糖、磷酸和A、U、C、G四种碱基以及:1:1的分子比例组成;DNA的基本结构单元是脱氧核苷酸,由2`-脱氧核糖、磷酸、A、T、G、C四种碱基以1:1:1的分子比例组成。
连接键:RNA和DNA的连接键性质相同。核糖(脱氧核糖)环上C1与嘧啶碱基的N1或嘌呤碱基的N9以β-糖苷键相连;戊糖的C5与磷酸基团以5`磷酸酯键相连;核苷酸之间以3`,5`-磷酸二酯键相连。
生物功能:DNA的功能是作为细胞遗传物质;RNA种类多,功能多样,主要是控制与参与蛋白质合成。另外,也可参与基因表达的调控、生物催化和转录后加工等过程。 5. 试述下列因素如何影响DNA的复性过程:
(1)阳离子的存在;(2)低于Tm的温度;(2)高浓度的DNA链。
答:(1)阳离子的存在可中和DNA中带负电荷的磷酸基团,减弱DNA链间的静电作用,促进DNA的复性;
(2)低于Tm的温度可以促进DNA复性;
(3)DNA链浓度增高可以加快互补链随机碰撞的速度、机会,从而促进DNA复性。 6.DNA分子二级结构有哪些特点?
答:按Watson-Crick模型,DNA的结构特点有:两条反相平行的多核苷酸链围绕同一中心轴互绕;碱基位于结构的内侧,而亲水的糖磷酸主链位于螺旋的外侧,通过磷酸二酯键相连,形成核酸的骨架;碱基平面与轴垂直,糖环平面则与轴平行。两条链皆为右手螺旋;双螺旋的直径为2nm,碱基堆积距离为0.34nm,两核酸之间的夹角是36°,每对螺旋由10对碱基组成;碱基按A=T,G≡C配对互补,彼此以氢键相连系。维持DNA结构稳定的力量主要是碱基堆积力;双螺旋结构表面有两条螺形凹沟,一大一小。
7.在稳定的DNA双螺旋中,哪两种力在维系分子立体结构方面起主要作用?
答:在稳定的DNA双螺旋中,碱基堆积力和碱基配对氢键在维系分子立体结构方面起主要作用。
8.简述tRNA二级结构的组成特点及其每一部分的功能。 答:tRNA的二级结构为三叶草结构。其结构特征为:
(1)tRNA的二级结构由四臂、四环组成。已配对的片断称为臂,未配对的片断称为环。 (2)叶柄是氨基酸臂。其上含有CCA-OH3’,此结构是接受氨基酸的位置。
(3)氨基酸臂对面是反密码子环。在它的中部含有三个相邻碱基组成的反密码子,可与mRNA上的密码子相互识别。
(4)左环是二氢尿嘧啶环(D环),它与氨基酰-tRNA合成酶的结合有关。 (5)右环是假尿嘧啶环(TψC环),它与核糖体的结合有关。
(6)在反密码子与假尿嘧啶环之间的是可变环,它的大小决定着tRNA分子大小。 9.如何快速判断核酸样品中是否有蛋白质污染? 答:可用紫外吸收法。
通过紫外分光光度计测定样品在260nm和280nm处光吸收值,然后计算OD260/OD280的比值。如果DNA样品的OD260/OD280的比值大于1.8,RNA的OD260/OD280的比值大于2.0,一般被视为高纯度样品。如果低于这些数字,表明核酸溶液中含有蛋白质污染。
10.介绍两种常用于测定核酸样品含量的方法,并说明其原理? 答:
(1)紫外吸收法:核酸在260nm有紫外吸收峰。在260nm测定光吸收值,如果是双螺旋DNA样品,OD260=1,则相当于含有50ug/mLDNA;若是RNA样品或单链DNA,OD260=1则相当于40ug/mL,从而可以计算获得核酸样品的含量。
(2)定磷法:核酸中P的含量比较稳定,可以通过定磷试剂测定样品中磷的含量,进而计算样品中核酸的含量。
(3)定糖法:核酸中核糖可以与地衣酚生成绿色化合物,而脱氧核糖与二苯胺反应生成蓝
色化合物,化合物颜色的深浅与糖含量成正比,可通过分光光度法测定核酸的含量。
(4)琼脂糖凝胶电泳:利用一个已知含量的DNA样品作为标准,在同一个凝胶上进行电泳,溴化乙锭染色后,根据电泳条带判断核酸样品的含量。
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