半定量RT-PCR

逆转录PCR

RT-PCR 为反转录RCR（reverse transcription PCR）和实时PCR（real time PCR）共同的缩写。逆转录PCR，或者称反转录PCR(reverse transcription-PCR, RT-PCR)，是聚合酶链式反应(PCR)的一种广泛应用的变形。在RT-PCR中，一条RNA链被逆转录成为互补DNA，再以此为模板通过PCR进行DNA扩增。

逆转录PCR 由一条RNA单链转录为互补DNA(cDNA)称作“逆转录”，由依赖RNA的DNA聚合酶（逆转录酶）来完成。随后，DNA的另一条链通过脱氧核苷酸引物和依赖RNA的DNA聚合酶完成，随每个循环倍增，即通常的PCR。原先的RNA模板被RNA酶 H降解，留下互补DNA。

RT-PCR的指数扩增是一种很灵敏的技术，可以检测很低拷贝数的RNA。RT-PCR广泛应用于遗传病的诊断，并且可以用于定量监测某种RNA的含量。（检测基因表达的方法，参见Northern Blot法。）

RT-PCR有时候也会指代实时PCR(real-time PCR)。为了与逆转录PCR相区别，通常被写作“定量PCR”(quantitative PCR)或者RTQ-PCR(real-time quantitative PCR)。

实时PCR

实时PCR(real-time PCR)，属于定量PCR（Q-PCR）的一种，以一定时间内DNA的增幅量为基础进行DNA的定量分析。

real time PCR 的定量使用萤光色素，目前有二种方法。一种是在ds DNA中插入特异的萤光色素；另一种使用一种能与增幅DNA序列中特定寡核酸序列相结合的一种萤光探针（probe）。

real time PCR 与 reverse transcription PCR 相结合，能用微量的RNA来找出特定时间、细胞、组织内的特别表达的遗传基因。这两种RT PCR的组合又被称之为“定量RT-PCR（quantitative RT-PCR）”

RT-PCR技术相关试剂

oligo: 多聚体，相当于mRNA引物 AMV（M-MLV）：逆转录酶 dNTP：脱氧核苷酸 RNase：RNA酶抑制剂 PCR Buffer：RT-PCR缓冲液 MgCl2：2价镁离子

PCR各步骤的目的 （一）预变性：

破坏DNA中可能存在的较难破坏的二级结构。 使DNA充分变性，减少DNA 复杂结构对扩增的影响，以利于引物更好的和模板结合，特别是对于基因组来源的DNA模板，最好不要吝啬这个步骤。此外，在一些使用热启动Taq酶的反应中，还可激活Taq酶，从而使PCR反应得以顺利进行。 （二）变性--退火--延伸循环：

①模板DNA的变性：模板DNA经加热至93℃左右一定时间后，使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应作准备；

②模板DNA与引物的退火(复性)：模板DNA经加热变性成单链后，温度降至55℃左右，引物与模板DNA单链的互补序列配对结合；

③引物的延伸：DNA模板--引物结合物在TaqDNA聚合酶的作用下，以dNTP为反应原料，靶序列为模板，按碱基配对与半保留复制原理，合成一条新的与模板DNA 链互补的半保留复制链。

（三）PCR仪扩增循环后72度延伸10分钟

用PCR仪扩增时,(变性.退火,延伸)循环完成后,继续72度延伸了10分钟的原因： 1.延伸时间取决于待扩增DNA片段的长度。（当然是在反应体系一定的条件下）例如，使用taqDNA聚合酶，72度时的碱基掺入率为35-100bp/s，因此延伸速率为1kb/min。

2.根据延伸速率推得，扩增1kb以内的dna片段1min即可，而3-4kb则需要3-4min，依次照推。通常在最后一轮要适当的将延伸时间延长至4-10min，这样做是使pcr反应完全以提高扩增产量。

3.继续72度延伸了10分钟除了可以使pcr反应完全以提高扩增产量外，还有一个作用是：在用普通taq酶进行PCR扩增时在产物末端加A尾的作用，可以直接用于TA克隆的进行。

什么是半定量PCR

半定量反转录－聚合酶链反应（semi-quantitative reverse transcription and polymerase Chain reaction ,SqRT-PCR）是近年来常用的一种简捷、特异的定量RNA测定方法，通过mRNA反转录成cDNA，再进行PCR扩增，并测定PCR产物的数量，可以推测样品中特异mRNA的相对数量。以半定量RT-PCR为基础建立起来的mRNA含量测定技术，较含内标化的RT-PCR定量测定的mRNA的方法更为简便可行。 这种方法不另设‘内标准',排除了俩对不同引物之间的相互抑制和灵敏读差异，而且具有明显的剂量－效益关系和良好的重复性。 步骤： 1.抽提RNA，2.反转录获得cDNA，3.以cDNA为模板做PCR 注意： 步骤1，RNA抽提质量一定要好，注意污染。内参的选择，常用的有βactin和GAPDH俩中。步骤3，半定量RT-PCR应该再两管中进行，既内参和目的基因各一管，这样便于控制，做图的时候可以放在一各泳道里跑！指数期和平台期一定要摸清楚！

半定量RT-PCR与荧光定量Real-time PCR最大的区别就在于 semi-PCR需

要跑电泳 根据条带亮度的强弱来判断模板拷贝数的高低 或者是表达量的高低 而Real-Time PCR则无需电泳 可以实时监测整个PCR的全程 并且由给出的Ct值及Standard Curve来判断gene拷贝数的高低。 所以 由上可见 semi-PCR不如Real-Time PCR精确。 至于RT 应该指 Reverse Transcription。

为了便于区分 我们更偏好使用qPCR来特指 Real-Time PCR

同时要注意REALTIME-PCR的定性问题，有时候你扩增出来的很有可能只是引物二聚体。所以要利用MELTING CURVE，如果是第一次做一个目的基因的REALTIME-PCR，还是要在2%的琼脂糖凝胶中进行电泳，以确定与你要扩增的目的基因大小一致。

RT-pcr 只能通过模板pcr后扩增的结果间接的反应初始模板的量。而realtime-pcr的结果直接可以看到初始模板的量。所以，realitime-pcr更精确些。

半定量RT-PCR电泳图如何分析

半定量RT-PCR参照的做法一般有两种：

1) 将要比较的两个样品的BETA-ACTIN 调成一样的亮度，然后就可以直接比较目的基因的亮度了。方法的结果比较直观，但较费事。

2) 不进行调平，一个样品里将目的基因和BETA-ACTIN直接比较，用软件就可以做到，然后将不同样品的这个比值进行比较就可以了。方法比较简单，但结果不够直观。 1.每个标本都要做自己的内参，不能用同一个内参！

2.每个标本在实际做前都要摸最佳循环数，包括内参，但内参的循环数不一定要和目的基因一样，都要选择上升期的中间数作为最佳循环数，否则进入平台期就没有可比性了！所以内参要有它自己的最佳循环数！

3.电泳扫描后，计算灰度值，先用同一标本的内参和目的进行比较，然后用这个相对值再去和其他你所要比较的平行组进行比较，一般每组4个样本以上。这样就可以知道各组之间的差别了！

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