UniProt数据库高级检索及数据条目注释信息

实用生物信息技术课程第2次作业

UniProt数据库高级检索及数据条目注释信息

姓名________ 学号______________ 编号_____ 日期________

1.

人珠蛋白家族检索

1) 写出从UniProt数据库中检索已审阅的人珠蛋白（globin）家族12个亚基的步骤。 2) 列表说明这12个珠蛋白的登录号、蛋白质名称、和序列长度。 3) 与血红蛋白alpha亚基差异最大的序列是哪个？相同位点百分比？ 4) 与血红蛋白beta亚基差异最小的序列是哪个？差异位点共多少个？ 列表说明从UniProt数据库中检索以下序列条目的步骤和结果： 1) 所有拟南芥序列 2) 已审阅拟南芥序列

3) 已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据的序列

4) 已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、且具有跨膜螺旋的序列

5) 已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋和信号肽的序列 6) 已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋和信号肽、并具有二硫键的序

列

7) 已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋、信号肽、二硫键，且已经测

定三维结构的序列 课题相关蛋白检索

1) UniProt数据库中与你研究课题相关的物种共有多少序列条目 2) 其中已审阅的序列条目有多少

3) 上述已审阅的序列条目中具有蛋白质证据的有多少

4) 上述具有蛋白质证据的条目中与你们实验室研究方向相关的有多少 5) 上述具有与你们实验室研究方向相关的序列中与你课题相关的有多少

血红蛋白注释信息（请在认真查看注释信息基础上用中文总结，不要用屏幕拷贝） 1) 以人血红蛋白alpha亚基为例，说明该序列条目包括几类相关文献。 2) 以人血红蛋白alpha亚基为例，说明该序列条目包括几类注释信息。 3) 以人血红蛋白alpha亚基为例，说明该序列条目包括哪些特征位点信息。

4) 以人血红蛋白alpha亚基为例，说明该序列条目包括哪几类数据库交叉链接，其中

你最感兴趣的有哪些数据库。

豌豆内膜蛋白注释信息（请在认真查看注释信息基础上用中文总结，不要用屏幕拷贝） 1) 以豌豆内膜蛋白PPF1_PEA为例，说明该序列条目包括哪些注释信息。

2) 通过注释信息或高级检索，查找拟南芥中与PPF1_PEA属于同一家族的内膜蛋白。 3) 通过查看注释信息和多序列比对，找出拟南芥中PPF1_PEA的直系同源蛋白

ALB3_ARATH。

4) 查看ALB3_ARATH的注释信息，特别是拟南芥专门数据库AraPort和TAIR，并与

PPF1_PEA的注释信息进行比较，说明如何将模式生物研究结果用于非模式生物。 课题相关蛋白注释信息（请在认真查看注释信息基础上用中文总结，不要用屏幕拷贝） 1) 以研究课题相关或你感兴趣的蛋白质为例，说明该序列条目包括几类相关文献。 2) 以研究课题相关或你感兴趣的蛋白质为例，说明该序列条目包括几类注释信息。 3) 以研究课题相关或你感兴趣的蛋白质为例，说明该序列条目包括哪些特征位点信

息。

4) 以研究课题相关或你感兴趣的蛋白质为例，说明该序列条目包括哪几类数据库交叉

链接，其中你最感兴趣的有哪些数据库。

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