人Latexin基因及蛋白质的生物信息学分析 - 王兆松(2)

第 2 期 王兆松等：人 Latexin 基因及蛋白质的生物信息学分析

129

0.8 1.0

Local quality estimate

Ramachadran plot model-1

oage similarity 0.4 0.6 180 135 90 45 0 -45 -90 -135

Psi(degress) local 0.2 Predcted 0

50 100 150 200 250

(A)

similarity totarget

Residue number

Local quality estimate 1.0 0.8

0.6 local 0.4 Predcted 0.2 0

-180 -135 -90 -45 0 45 90 135 180 Phi(degress)

(B)

50 100 150 200 Residue number

1.0 0.8 250

图 9 人 Lxn 预测三级结构模型 A 的拉曼图分析

图中区域由白到红，颜色越深该区域二面角越合理。 ▲：甘氨

酸；■：除甘氨酸外的其他氨基酸。

similarity totarget Local quality estimate

0.6

0.4 0.2 0 Fig.9 Ramachandran plot analysis of predicted 3D

model A of human Lxn

The deeper the color, the more reasonable the dihedral angle. ▲: Glycine; ■: Other amino acids except glycine.

local Predcted

(C)

50 100 150 200 250 Residue number

Lxn 蛋白质进行分析, 得到 10 个与 Lxn 相互作用紧密的蛋白质（图 10）。相互作用蛋白质的信息及预测得分见表 4, 得分较高的是羧肽酶, 这与 Lxn

(A) 蛋白质 A 模型三级结构及其与同源蛋白质相似性波形图；

(B) 蛋白质 B 模型三级结构及其与同源蛋白质相似性波形图；

(C) 蛋白质 C 模型三级结构及其与同源蛋白质相似性波形图。

图 8 人 Lxn 三级结构预测

Fig.8 Tertiary structure prediction of human Lxn

是羧肽酶抑制剂的研究相吻合。

2.12 人 Lxn 的 GO 注释分析

[1]

(A) Tertiary structure of model A and its similarity

waveform to the homologous protein; (B) Tertiary structure of model B and its similarity waveform to the homologous protein; (C) Tertiary structure of model C and its similarity waveform to the homologous protein.

geneontology.org/cgi-bin/amigo/go.cgi）对人 Lxn 进

行基因本体论的分析, 结果见表 5。对结果进行总结分析可以发现, 从细胞定位来说, Lxn 既可游离于细胞质中也可以分泌到细胞外; 从分子功能上来说, Lxn 具有蛋白质和生物因子的结合功能及金属内肽酶抑制剂的活性; 另外, Lxn 还参与温度引起的痛觉反应、炎症反应、抑制肽链内切酶的活性等生物过程, 这与蛋白质相互作用中预测羧肽酶与 Lxn 具有相互作用的结果相一致。

使用 Gene Ontology Consortium（http://amigo1.

色区域内, 表明所有的氨基酸均形成了一种合理的二面角, 构成的蛋白质结构稳定, Swiss-Model

预测得到的人 Lxn 蛋白质的模型稳定可靠。

2.11 人 Lxn 相互作用蛋白质的预测及分析

使用 String 蛋白质相互作用预测网站对人

表 4 与人 Lxn 相互作用可能性较大的 10 种蛋白质

Table 4 Ten proteins most likely to interact with human Lxn

Protein shot name CPA4 CPA1 CPA2

ZKSCAN4 SH3BGRL DAB2IP DPYD GSG1L TMEM14A CBFA2T2

Protein full name

carboxypeptidase A4 carboxypeptidase A1 carboxypeptidase A2

zinc finger with KRAB and SCAN domains 4

SH3 domain binding glutamic acid-rich protein like DAB2 interacting protein

dihydropyrimidine dehydrogenase GSG1-like

transmembrane protein 14A

core-binding factor, runt domain, alpha subunit 2

Score 0.998 0.947 0.749 0.742 0.644 0.610 0.590 0.557 0.557 0.502

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