diamond 3 教程系列1.01 - 图文(6)

图3.25

原子的半径原子的显示类型原子的透明度复制所选择行的数据列表原子的颜色选择所有原子边界颜色边界类型删除所选择的原子材质编辑列表信息项目设置信息的排序规则设置列表选项或排序规则

图3.27

? Created Bonds选项

如图3.28所示，该选项与前面介绍的Created Atoms基本类似，绿色框中依次排列着依次代表着原子序号（No.）、原子类型（Type）、1#原子名称（Atom #1）、1#原子编码（Atom code #1）、2#原子名称（Atom #2）、2#原子编码（Atom code #2）、键长（Length）。表中列出的是每条键独立的信息，拷贝数据或数据中的一部分与对称操作衍生没有关系，复制的数据可用于粘贴到其他文档。需要指出的是，这里的键长是实际键长（包括人为添加的更长或更短的键长），但与我们前面介绍的原子间距（d 1,2 or 1,3）不同。右键点选仍可进一步编辑。

按原子序数排列晶胞参数右键点击得到的编辑项

图3.28

很明显，在图3.28所示红色粗框部分的功能中，有些不用介绍了，与前面介绍的功能完全相似。

Copy Table 复制粘贴数据列表； Select All Bonds 选择所有键；

Destroy Bonds 删除选择的某条或某些条键；

Add to Distance Table 主要是针对那些认为添加的键； Table Setting 列表信息的内容和顺序设置；

…………….。主要针对Edit bond Designs…进行介绍

图3.29

双色键Thin：单色细键，不能调节半径Thick：单色粗键，可以调节半径Thin，two-colored：双色细键，半径不可调Thick，two-colored：双色粗键，半径可调Invisible：键不可见，参数均不可调键分段效果，3分割成4段，表示氢键等弱相互作用时常用键的类型键分段键类型与颜色键的透明度键的半径键的颜色键的材质边界颜色

图3.30 Bond Design的一些常用设置

还需要注意的几点：

键的透明度调节可以使复杂的结构表现更方便，这样透过一部分键仍可看到后面的结构细节，但要配上合适的光照效果，后面的章节会提到。

图 Yaghi发表的结构

键的半径调节受到成键两原子的半径限制，如果键半径大于原子半径，程序就不工作了。同时当两端原子的半径不一样时，但键的半径却又与粗端相近，就会出现如下效果（图3.31），结合我们以后介绍的技巧还可以得到图3.32的效果。

键的半径处于两端的原子半径之间或等于粗端的原子半径键的半径比两端的原子半径小

图3.31

图3.32

? Atom Groups与Bond Groups选项

图 3.33

在一个包含几百或上千个原子的结构中，我们很难去编辑某一类型的原子，这时Atom Groups功能就显得特别重要。该功能忽略了同类原子间的差异，归为一类。比如在本例中，只含两种元素C和H，欲将其中的碳原子的半径调大或颜色调成绿色，需要使用Atom Groups>>Select Atoms By Group（右键点选），就可以选择所有的碳原子（但是本程序的有个缺陷，就是在选择后没有提供编辑选择框，这样操作起来觉得不方便）。当然您也可以选择多类型的原子，比如在本例中选择C和H两种原子。

至于右键点选的其他选项，和前面的功能设置相同，不再赘述。

按键长排序

图3.34Bond Groups选项

Bond Groups选项功能与Atom Groups相似，都是批量选择。在进行拓扑结构分析的时候，由于模型选择时很多键的键长明显不合适（程序会默认一些键的生成），一条一条删除不准确且麻烦，快捷的操作是图3.34 中按键长排序，然后批量进行选择然后删除

Atom Groups与Bond Groups选项配合，在拓扑结构分析，或者由堆积模式创造视觉效果时，用处颇多（图3.35）。

图3.35

? Polyhedra选项

打开软件提供的Diamond 结构，并进行取舍，然后构建多面体（以后详细说明）

图3.36 金刚石结构图

图3.37 金刚石多面体图

有时为了编辑特定的某个或某些多面体时，由于在原子的周围添加了面，鼠标选择起来多少有些困难，这样使用该功能就很方便了。

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