CoMFA使用说明

CoMFA使用说明

第一步：分子数据库的准备以及登陆sybyl↙(回车键)

在其它软件上将一系列分子进行优化，存成mol2的格式，如果模板分子是从晶体中取出，则将其它分子在模板分子的基础上进行改造即可，将系列文件的mol2格式传到sybyl后，注意：在其它软件上构建的分子在sybyl中有可能不认，所以要检查每一个分子。最好在sybyl中构建分子！

登陆工作站的方法是在下面的界面中输入用户名和密码

login：exercise password：jiao8514

进入sybyl的方法，在下列界面中输入sybyl

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sybyl界面

第二步 建立分子数据库，将优化后的分子放入一个数据库文件中

1、建立新的数据库：file→database/new↙：给数据库命名，后缀为 *.mdb↙ 2、向建立的数据库中放入分子，首先将模板分子放入，然后一一放入其它分子 file→read－选定分子调出，built/edit→name molecule→给分子名字→ok↙ 计算分子电荷：compute→charges－可供选择的计算电荷的方法很多，一般

小分子用：Gasteiger－Huckel 大分子用：MMFF94 蛋白用：pullman

将分子放入数据库， file→database→put molecule 按上列顺序将其它分子一一命名，然后放入数据库

注意：每放完一个分子后，将前一个分子去掉，方法：build/edit→zap（delete）molecule 建好数据库后，可以检查库中有多少分子。方法File→database→list→molecule→ok， 结果会在下方的shell中出现数据库中的分子。 3、分子叠加

file→align database 弹出下列界面

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在database to align 中选择已经建好的数据库 在template molecule 中选择模板分子

在commin substructure 中选定分子的公共部分

其它的选项采用默认－ok，命名已经叠合好的数据库名字，

注意：给数据库的路径，否则该数据库就被保存在exercise的目录下。

第三步 填入参数

调出刚才叠合好的数据库，方法：file→molecule spreadsheet→open 选中数据库名称 弹出下列界面【用new-database-选择相应的数据库】

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填入数据，一般第一列加入活性数据

用鼠标选中第二列，点击autofill，弹出下列界面

选中CoMFA－ok, 弹出下列界面

点击type（s）中的steric－其它选用默认值，点击add coloum－给出该列的名称－ok，该列被自动加上了立体场参数，重复上面步骤，在新的一列加上electroatatic参数。

第四步 数据分析

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添加参数后的表格如下：

点击QSAR→Partial Least Squares，弹出如下界面

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