转录组学主要技术及其应用研究(3)

基因定位，也可转化为分子标记构建遗传图谱等等，因此该技术可广泛用于动植物体分类学和遗传学,功能基因组学, 蛋白质组学等研究。

（3）RNA-seq的精确度高，能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测，可以用于分析真核生物复杂的转录本的结构及表达水平，精确地识别可变剪切位点以及cSNP(编码序列单核普酸多态性)，提供最全面的转录组信息；RNA-Seq除了可以确定基因组信息己知物种的转录本，同样也些较低丰度的转录物，最大限度地收集基因组的基因表达信息，是从总体上全面研究基因表达、构建基因表达图谱的首选策略，并可在此基础上，发现新的基因。

2.3.3 不足和展望

EST 技术[21,22]，虽然可以直接检测cDNA序列，但这种方法的检测量较低、价格贵并且一般很难达到定量的分析目的；SAGE技术[23,24]和MPSS技术[18,25]克服了EST术的缺点，具备高通量、精确性、数字化信号等特点，但大多数依赖于价格昂贵的Sanger测序技术，并且短的标签序列的有效部分不能特异性地匹配到参照基因组上。相比之下, RNA-Seq技术具有数字化信号、高灵敏度、任意物种的全基因组分析、更广的检测范围等诸多独特优势。然而和其他所有新生技术一样，RNA-Seq 技术也面临着一系列新问题：其一是庞大的数据量所带来的信息学难题。其二是如何针对更复杂的转录组来识别和追踪所有基因中罕见 RNA 亚型的表达变化。其三，目前的高通量测序技术大都需要较多的样品起始量。最后，标准的 RNA-Seq 技术不能提供序列转录的方向信息。虽然 RNA-Seq 技术还面临着种种困难，但作为一个刚刚起步的新技术，相信随着相关学科的进一步发展和测序成本的进一步降低，RNA-Seq必将在转录组学研究领域占主导地位。

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