DNA甲基化的生物信息学研究进展(2)

１４４ 生物化学与生物物理进展Ｐｒｏｇ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．２００９；３６（２）

岛边界序列通过绐合特定转录因子使ＣｐＧ岛不易被甲基化的机制假说也有了更多的证据．同时，研究疾病特别是癌症中ＤＮＡ甲基化静特点和撬律、发现与特定癌症楣关的甲摹纯生物标记（ｂｉｏｍａｒｋｅｒ），成为ＤＮＡ甲基化研究中新的热点问题．

本文综述了目前关于人的ＤＮＡ甲基化研究中生物信息学研究酶竣新进展。首先介绍了ＤＮＡ甲基化的高通量检测方法和相关数据库，然后重点综述了ＤＮＡ甲基化的预测研究和ＣｐＧ岛不易被甲基化的桃制探索，紧接着麓篓阐述了ＤＮＡ瞪基化同癌瘫以及其他表观遗传学现象之闻的关系，最后一部分是作者基于ＤＮＡ甲基化的Ｔ作体会对于今后研究方向的展望。

１

括三大类：ａ．亚硫酸氧钠（ｓｏｄｉｕｍｂｉｓｕｌｆｉｔｅ）法，亚硫酸氢钠把非甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶，而保持甲基化的胞噻睫不变，以此实现两类的分离，此方法因其准确率商碡ｉ被誉为裣测ＤＮＡ甲基亿的“金方法”；ｂ．限制性内切酶（ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎｅｎｚｙｍｅ）法，限制性内切酶町以切割Ｊ＃甲基化的位点，而甲基化以磊静识溺位点将被攥留；ｅ．剩用特定抗体砖甲基化的胞嘧啶进行免疫沉淀反应（ｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ）．这三种方法的丰要特点见表１．前期处理实现了甲基化和棼甲基化的胞豫啶分离以后，可以对分离出的甲基化ＤＮＡ片＋段进行基冈芯片杂交或者大规模深度测序，实现高通精的检测（图１）．以上两个步骤的不同组合产牛了多种赢运量的蜜验检溺技术，磐耍硫酸氯镪＋溺穿黔ｉｓ］、亚硫睃氰钠＋芯片技术（１９，２０１、酶切＋芯片技术【２ｌＪ、甲基化抗体十芯片技术俐等．目前很多实验室利用以上技术对不月组织ｔ｜ｔ的ＤＮＡ甲恭化状态进行了检测，具体情况觅表２．

ＤＮＡ甲基化的高通量实验检测方法

ＤＮＡ甲基化的检测大体分为两个步骤：ａ．待

检测榉品的前期处理；ｂ。目标序列的定位釉甲基化状态的量化。待检测样ｔ谲酶前期处理方法上要包

Ｔａｂｌｅ１

Ｔｈｅｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓｏｆｄｉｆｆｅｒｅｎｔ

ｐｒｅｔｒｅａｔｍｅｎｔｍｅｔｈｏｄｓｉｎｄｅｔｅｃｔｉｏｎｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓｆｏｒＤＮＡｍｅｔｈ），ｌａｔｉｏｎ

袭１ＤＮＡ甲基纯实验检测鼓零各静羲期懿遴方法兹特纛

Ｆｉｇ．１

Ｓｋｅｔｃｈｏｆｔｈｅｈｉｇｈ—ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔｄｅｔｅｃｔｉｏｎｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓｆｏｒＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ

图１高通量检测ＤＮＡ甲基化技术的示意图

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