有参考基因组的转录组生物信息分析模板(6)

图9.3 差异基因火山图

有显著性差异表达的基因用红色点表示；横坐标代表基因在不同样本中表达倍数变化；纵

坐标代表基因表达量变化差异的统计学显著性

9.4 差异基因聚类分析

聚类分析用于判断差异基因在不同实验条件下的表达模式；通过将表达模式相同或相近的基因聚集成类，从而识别未知基因的功能或已知基因的未知功能；因为这些同类的基因可能具有相似的功能，或是共同参与同一代谢过程或细胞通路。以不同实验条件下的差异基因的RPKM值为表达水平，做层次聚类(hierarchical clustering)分析，不同的颜色的区域代表不同的聚类分组信息，同组内的基因表达模式相近，可能具有相似的功能或参与相同的生物学过程。 除了差异基因表达量rpkm层次聚类分析，我们对还分别用H-cluster、

K-means和SOM等三种方法对差异基因的相对表达水平值log2(ratios)进行聚类。不同的聚类算法分别将差异基因分为若干cluster，同一cluster中的基因在不同的处理条件下具有相似的表达水平变化趋势。

图6.4 差异基因聚类图

左图为整体rpkm层次聚类图，以log10RPKM值进行聚类，红色表示高表达基因，蓝色表示低表达基因。颜色从红到蓝，表示log10(RPKM)从大到小；右图为log2(ratios)折线图，每个子图中的灰色线条表示一个cluster中的基因在不同实验条件下相对表达量的折线图，蓝色线条表示这个cluster中的所有基因在不同实验条件下相对表达量的平均值的折

线图，x轴表示实验条件，y轴表示相对表达量

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