一、设立专门机构，明确职权分工
预算管理涉及范围十分宽广，需要相关部分单位的积极配合，也就是说，单单依靠财务部门是无法取得预期工作效果的，若是想要充分发挥财务预算优势作用，就必须建立一个专门的预算管理机构，并明确相关利益主体的职权分工。
例如，某事业单位在每年预算编制工作的准备阶段，都会成立专门的管理委员会，从单位领导人中选出一人担任委员会主任，由财务部门负责人担任委员会副主任，由其他财职能部门负责人担任成员，人员人数不固定，但彼此有着明确的职权分工，彼此监督，切实执行工作要求，以确保预算管理的高效生成。当然，可操作性和可行性最强的要属建立一个专门的操作室，并将其设在财务处，主要负责以下工作内容：
第一，根据既定的年度预算目标，制定不同部门的年度预算，并精准传达下去；
第二，对单位内部各部门的财务运营进行监管、审计和考评；
第三，对事业单位预算管理的实施标准、规章制度、行为要求等进行科学编制；
第四，负责组织开展单位年度预算方案编写、审核与汇总工作；
第五，负责预算管理委员会委派的相关工作；
第六，负责对单位内部各部门的预算执行情况进行考评，同时对预算管理体制的落实情况展开综合考究；
第七，通过深度调查和系统分析找出预算管理中存在的种种问题，并及时采取有效措施加以解决。
二、加大执行监管力度，提高资金利用效率
全面的、科学的、规范的预算方案是实现资金高效利用的先决条件，但单靠预算方案显然是不够的，还有确保预算方案的有效执行和落实，需要全程的监管确保其常态性生成，只有如此才能充分发挥财务预算管理的正面效用，才能充分发挥国有资源的优势作用。因此，事业单位必须不断加大财务预算管理的执行与监管力度，增强财务预算的科学性、规范性和约束性，全面提高资金利用效率。
事业单位在进行会计核算时，应采用内部通用的信息系统，利用电算化方法进行全程化、立体化预算执行监控。具体来讲，当预算批复下达后，财务部门要结合项目整体预算目标进行指标细化处理，越详细越好，同时构建相应的预警机制。例如，当项目预算最终目标确定后，首先要结合明细和末级项目进行指标拆分，然后以部门为单位展开具体划分，最后结合支出科目指标设置相应的控制指标，如各部门差旅费具体额度、各部门办公费具体额度，不同支出科目指标不得超出既定资金额度，也不可出现不同支出科目挤占，一旦出现指标超额财务部将不负责报销，这样一来就能够从源头上控制各部门的支出金额，有效实现了预算执行的规范性，提高了资金利用效率。信息系统支撑下的财务预算实施，能够有效解决传统预算中讲人情、凭经验的问题，有效防止了资金浪费、职权滥用等现象的发生。另外，在进行支出指标细分化的同时，设置相应的预警线，如当项目支出达到既定额度80%的时候，系统将及时予以警示，进而为相关主体的计划调整预留足够时间和空间，确保资金利用的合理性和高效性。
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